The Birth of Genomic Enzymology: Discovery of the Mechanistically Diverse Enolase Superfamily.
The Birth of Genomic Enzymology: Discovery of the Mechanistically Diverse Enolase Superfamily.
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基因组酶学的诞生：机械多样性烯醇化酶超家族的发现。
DOI：
10.1021/acs.biochem.1c00494
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发表时间：
2021-11-23
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Whitman, Christian P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Allen, Karen N.;Whitman, Christian P.
酶根据序列、结构和机制的相似性被分为超家族。进化的影响可能是深远的。直到20世纪90年代中期，该方法主要由于有限的序列和结构数据而支离破碎。然而，在1996年，Babeland等人发表在《生物化学》上的一篇论文证明了机械多样性超家族在识别共同祖先、预测功能以及在某些情况下特异性方面的潜在力量。这种观点描述了原始工作的结果，并回顾了当前对创始家族成员结构和机制的理解。基因组酶学方法的成果远远超出了烯醇化酶超家族成员的功能分配，激发了超家族的研究、序列相似性网络和基因组背景的采用，并对酶进化产生了基本的见解。
Enzymes are categorized into superfamilies by sequence, structural, and mechanistic similarities. The evolutionary implications can be profound. Up until the mid-1990s, the approach was fragmented largely due to limited sequence and structural data. However, in 1996, a paper by Babbitt et al. was published in Biochemistry that demonstrated the potential power of mechanistically diverse superfamilies to identify common ancestry, predict function, and in some cases, specificity. This perspective describes the findings of the original work and reviews the current understanding of structure and mechanism in the founding family members. The outcomes of the genomic enzymology approach have reached far beyond the functional assignment of members of the enolase superfamily, inspiring the study of superfamilies, adoption of sequence-similarity networks and genome context and yielding fundamental insights into enzyme evolution.
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DOI：
10.1074/jbc.m117.815340
发表时间：
2018-02-16
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Davidson R;Baas BJ;Akiva E;Holliday GL;Polacco BJ;LeVieux JA;Pullara CR;Zhang YJ;Whitman CP;Babbitt PC
通讯作者：
Babbitt PC
影响因子：
2.9
作者：
Groninger-Poe, Fiona P.;Bouvier, Jason T.;Vetting, Matthew W.;Kalyanaraman, Chakrapani;Kumar, Ritesh;Almo, Steven C.;Jacobson, Matthew P.;Gerlt, John A.
通讯作者：
Gerlt, John A.
影响因子：
12.3
作者：
Brown, Shoshana D;Gerlt, John A;Seffernick, Jennifer L;Babbitt, Patricia C
通讯作者：
Babbitt, Patricia C
影响因子：
2.9
作者：
Armstrong, RN
通讯作者：
Armstrong, RN
DOI：
10.1073/pnas.95.18.10396
发表时间：
1998-09-01
影响因子：
11.1
作者：
Hasson, MS;Schlichting, I;Ringe, D
通讯作者：
Ringe, D