The Dynamic Landscape of Open Chromatin during Human Cortical Neurogenesis.
The Dynamic Landscape of Open Chromatin during Human Cortical Neurogenesis.
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DOI：
10.1016/j.cell.2017.12.014
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发表时间：
2018-01-11
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Geschwind DH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de la Torre-Ubieta L;Stein JL;Won H;Opland CK;Liang D;Lu D;Geschwind DH
非编码区域构成了人类基因组的大部分，并包含了神经精神疾病的很大一部分风险等位基因，然而它们的功能仍不明确。我们通过对比发育中的大脑皮层的生发区和皮质板中的染色质可及性和基因表达，绘制了一幅参与人类皮质神经发生的非编码元件的高分辨率图谱。我们将远端调控元件（DREs）与其同源基因以及染色质相互作用数据联系起来，并表明人类获得性增强子（HGEs）的靶基因调控皮质神经发生，且在外放射状胶质细胞中富集，外放射状胶质细胞是一种与人类皮质进化相关的细胞类型。我们通过实验验证了预测的成纤维细胞生长因子受体2（FGFR2）和eomesodermin（EOMES）增强子的调控作用。我们观察到，与受教育程度、神经精神疾病风险和颅内体积相关的常见遗传变异在参与皮质神经发生的调控元件中富集，这表明了这一早期发育过程对成年人认知功能的重要性。
一幅驱动人类皮质神经发生的非编码调控元件的高分辨率图谱揭示了与认知功能相关的常见遗传变异相关的独特的人类增强子。
Non-coding regions comprise most of the human genome and harbor a significant fraction of risk alleles for neuropsychiatric diseases, yet their functions remain poorly defined. We created a high-resolution map of non-coding elements involved in human cortical neurogenesis by contrasting chromatin accessibility and gene expression in the germinal zone and cortical plate of the developing cerebral cortex. We link distal regulatory elements (DREs) to their cognate gene(s) together with chromatin interaction data and show that target genes of human-gained enhancers (HGEs) regulate cortical neurogenesis and are enriched in outer radial glia, a cell-type linked to human cortical evolution. We experimentally validate the regulatory effects of predicted enhancers for FGFR2 and EOMES. We observe that common genetic variants associated with educational attainment, risk for neuropsychiatric disease, and intracranial volume are enriched within regulatory elements involved in cortical neurogenesis, demonstrating the importance of this early developmental process for adult human cognitive function. A high-resolution map of non-coding regulatory elements driving human cortical neurogenesis reveals uniquely human enhancers linked to common genetic variants associated with cognitive function.
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通讯作者：
Price AL
DOI：
10.1038/nrg3473
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
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--
作者：
通讯作者：
--
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