Molecular characterization of grapevine yellow speckle viroid-2 (GYSVd-2).
Molecular characterization of grapevine yellow speckle viroid-2 (GYSVd-2).
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葡萄黄斑类病毒 2 (GYSVd-2) 的分子表征
DOI：
10.1007/s11262-009-0338-1
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发表时间：
2009-06
期刊：
影响因子：
1.6
通讯作者：
Li S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang D;Zhang Z;Wu Z;Guo R;Wang H;Fan P;Li S
葡萄藤黄色斑点类病毒-2（GYSVd-2）是仅在中国和澳大利亚的葡萄藤中发现的类病毒。在这里，我们报告的GYSVd-2分离自中国的三个葡萄藤品种的分子特征。对90个cDNA克隆进行了测序，其中包括从黑奥林匹亚、早育和汤姆森无核分离物中获得的30个cDNA克隆。测序分析分别从3个分离株中鉴定出20、18和12种不同的序列变异。此外，每个分离株包括一个主要的序列变异。与GYSVd-2的澳大利亚变异体（登录号：NC_003612）相比，黑奥林匹亚变异体是相同的，而早玉变异体包含一个替换。相比之下，汤姆森无籽分离显着不同的澳大利亚变体与三个取代，两个插入，和四个删除。计算机结构分析预测，变异聚集在末端左侧，致病性，和预测的二级结构的可变区GYSVd-2。
Grapevine yellow speckle viroid-2 (GYSVd-2) is a viroid found only in grapevines in China and Australia. Here, we report the molecular characterization of GYSVd-2 isolated from three grapevine varieties in China. A total of 90 cDNA clones were sequenced including 30 cDNA clones obtained from each of the Black Olympia, Zaoyu, and Thomson Seedless isolates. Sequencing analysis identified 20, 18, and 12 different sequence variants from the 3 isolates, respectively. Furthermore, each of the isolates included one predominant sequence variant. Compared to the Australian variant of GYSVd-2 (Accession number: NC_003612), the Black Olympia variant was identical and the Zaoyu variant contained one substitution. In contrast, the Thomson Seedless isolate significantly varied from the Australian variant with three substitutions, two insertions, and four deletions. In silico structure analysis predicted that the variations were clustered in the terminal left, the pathogenicity, and the variable region of the predicted secondary structure of GYSVd-2.
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