SRCP: a comprehensive pipeline for accurate annotation and quantification of circRNAs.
SRCP: a comprehensive pipeline for accurate annotation and quantification of circRNAs.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02497-7
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发表时间：
2021-09-23
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Kadener S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rabin A;Zaffagni M;Ashwal-Fluss R;Patop IL;Jajoo A;Shenzis S;Carmel L;Kadener S
在这里，我们描述了一种新的精确注释和定量circRNA的综合方法，称为短读circRNA Pipeline （SRCP）。我们的策略包括两个步骤：对验证的circrna进行注释，然后进行量化步骤。我们发现SRCP比其他单个管道更敏感，并且允许对大量差异表达的环状rna进行更全面的量化。为了便于SRCP的使用，我们在包括人类在内的五种不同的生物中生成了经过验证的环状rna的综合集合。然后，我们利用我们的方法在人脑样本中鉴定出与mirna效应蛋白AGO2结合的circRNAs子集。在线版本包含补充材料，可在10.1186/s13059-021-02497-7获得。
Here we describe a new integrative approach for accurate annotation and quantification of circRNAs named Short Read circRNA Pipeline (SRCP). Our strategy involves two steps: annotation of validated circRNAs followed by a quantification step. We show that SRCP is more sensitive than other individual pipelines and allows for more comprehensive quantification of a larger number of differentially expressed circRNAs. To facilitate the use of SRCP, we generate a comprehensive collection of validated circRNAs in five different organisms, including humans. We then utilize our approach and identify a subset of circRNAs bound to the miRNA-effector protein AGO2 in human brain samples. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02497-7.
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影响因子：
14.9
作者：
Hansen TB;Venø MT;Damgaard CK;Kjems J
通讯作者：
Kjems J
影响因子：
4.5
作者：
Langdon WB
通讯作者：
Langdon WB
影响因子：
4.6
作者：
Barrett, Steven P.;Salzman, Julia
通讯作者：
Salzman, Julia
影响因子：
5.8
作者：
Cheng, Jun;Metge, Franziska;Dieterich, Christoph
通讯作者：
Dieterich, Christoph
DOI：
10.1007/978-1-4939-7562-4_2
发表时间：
2018-01-01
期刊：
CIRCULAR RNAS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Jakobi, Tobias;Dieterich, Christoph
通讯作者：
Dieterich, Christoph