BET inhibition disrupts transcription but retains enhancer-promoter contact
BET inhibition disrupts transcription but retains enhancer-promoter contact
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BET 抑制会破坏转录但保留增强子-启动子接触
DOI：
10.1101/848325
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Crump N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crump N
增强子是 DNA 序列，能够对高等真核生物中的基因进行复杂的时间和组织特异性调节。尽管尚不完全清楚增强子-启动子相互作用如何增加基因表达，但已在多个系统的多个位点观察到这种接近性，并且被认为对于维持基因表达至关重要。布罗莫结构域、末端外结构域 (BET) 和介体蛋白已被证明能够形成相凝聚物，并被认为对于超级增强子功能至关重要。在这里，我们表明，用 BET 蛋白抑制剂靶向细胞或 BET 蛋白含溴结构域蛋白 4 (BRD4) 的药理降解对转录有很大影响，但对增强子-启动子相互作用影响很小。溶解相冷凝物会减少 BRD4 和介体在增强子上的结合，并且还会强烈影响基因转录，而不会破坏增强子-启动子相互作用。这些结果表明转录的激活和增强子-启动子相互作用的维持是分开的事件。我们的研究结果进一步表明，增强子-启动子相互作用并不依赖于高水平的 BRD4 和介体，并且可能由一组复杂的因素维持，包括额外的激活剂复合物，以及在某些位点的 CTCF 和粘连蛋白。
Enhancers are DNA sequences that enable complex temporal and tissue-specific regulation of genes in higher eukaryotes. Although it is not entirely clear how enhancer-promoter interactions can increase gene expression, this proximity has been observed in multiple systems at multiple loci and is thought to be essential for the maintenance of gene expression. Bromodomain and Extra-Terminal domain (BET) and Mediator proteins have been shown capable of forming phase condensates and are thought to be essential for super-enhancer function. Here, we show that targeting of cells with inhibitors of BET proteins or pharmacological degradation of BET protein Bromodomain-containing protein 4 (BRD4) has a strong impact on transcription but very little impact on enhancer-promoter interactions. Dissolving phase condensates reduces BRD4 and Mediator binding at enhancers and can also strongly affect gene transcription, without disrupting enhancer-promoter interactions. These results suggest that activation of transcription and maintenance of enhancer-promoter interactions are separable events. Our findings further indicate that enhancer-promoter interactions are not dependent on high levels of BRD4 and Mediator, and are likely maintained by a complex set of factors including additional activator complexes and, at some sites, CTCF and cohesin.
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影响因子：
16
作者：
Cajigas I;Chakraborty A;Swyter KR;Luo H;Bastidas M;Nigro M;Morris ER;Chen S;VanGompel MJW;Leib D;Kohtz SJ;Martina M;Koh S;Ay F;Kohtz JD
通讯作者：
Kohtz JD
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DOI：
10.1101/393413
发表时间：
2018
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
Jelena M. Telenius;J. Hughes
通讯作者：
J. Hughes
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
64.5
作者：
Boija A;Klein IA;Sabari BR;Dall'Agnese A;Coffey EL;Zamudio AV;Li CH;Shrinivas K;Manteiga JC;Hannett NM;Abraham BJ;Afeyan LK;Guo YE;Rimel JK;Fant CB;Schuijers J;Lee TI;Taatjes DJ;Young RA
通讯作者：
Young RA
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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