The R0 package: a toolbox to estimate reproduction numbers for epidemic outbreaks.
The R0 package: a toolbox to estimate reproduction numbers for epidemic outbreaks.
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DOI：
10.1186/1472-6947-12-147
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发表时间：
2012-12-18
影响因子：
3.5
通讯作者：
Boëlle PY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Obadia T;Haneef R;Boëlle PY
已经提出了几种通用的方法来估计疫情期间的传播参数，特别是繁殖数。然而，到目前为止，还没有专门的软件可以实现这些方法并进行比较。对用于估计疾病暴发期间传播性参数的一般方法进行了审查。大多数方法使用流行曲线和世代时间分布。有两类方法可供使用：估计初始繁殖数的方法和估计随时间变化的繁殖数的方法。我们实现了五种方法作为R库，为每种方法开发了灵敏度分析工具，并提供了它们使用的数值说明。模拟数据集上的不同方法的性能的比较报告。这个软件包允许一个标准化的和可扩展的方法来估计繁殖数量和世代间隔分布的流行曲线。
Several generic methods have been proposed to estimate transmission parameters during an outbreak, especially the reproduction number. However, as of today, no dedicated software exists that implements these methods and allow comparisons. A review of generic methods used to estimate transmissibility parameters during outbreaks was carried out. Most methods used the epidemic curve and the generation time distribution. Two categories of methods were available: those estimating the initial reproduction number, and those estimating a time dependent reproduction number. We implemented five methods as an R library, developed sensitivity analysis tools for each method and provided numerical illustrations of their use. A comparison of the performance of the different methods on simulated datasets is reported. This software package allows a standardized and extensible approach to the estimation of the reproduction number and generation interval distribution from epidemic curves.
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