A nomenclature for echinoderm genes.
A nomenclature for echinoderm genes.
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DOI：
10.1093/database/baab052
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发表时间：
2021-08-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ettensohn CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beatman TR;Buckley KM;Cary GA;Hinman VF;Ettensohn CA
棘皮动物胚胎和幼虫是研究发育机制的重要实验模型系统。高质量的、组装的、带注释的基因组序列现在可用于几种棘皮动物物种，包括大多数类别的代表。这些数据可用性的增加需要开发一种命名法，为棘皮动物基因分配通用可解释的基因符号，以促进棘皮动物内和其他门之间基因功能的跨物种比较。本文描述了一套改进的棘皮动物基因命名指南的实施，该指南既传达了蛋白质编码基因符号和名称中有意义的同源信息，又与为包括人类在内的主要脊椎动物模型生物开发的命名法建立了连续性。检查并解释了棘皮动物基因命名指南和脊椎动物指南之间的差异。该命名法结合了新颖的解决方案，允许多种类型的直向同源关系，包括单个棘皮动物基因与由全基因组复制事件产生的多个脊椎动物共同直向同源物。当前版本的棘皮动物基因命名指南可在 https://www.echinobase.org/gene/static/geneNomenclature.jsp 数据库 URL https://www.echinobase.org/ 找到
Echinoderm embryos and larvae are prominent experimental model systems for studying developmental mechanisms. High-quality, assembled, annotated genome sequences are now available for several echinoderm species, including representatives from most classes. The increased availability of these data necessitates the development of a nomenclature that assigns universally interpretable gene symbols to echinoderm genes to facilitate cross-species comparisons of gene functions, both within echinoderms and across other phyla. This paper describes the implementation of an improved set of echinoderm gene nomenclature guidelines that both communicates meaningful orthology information in protein-coding gene symbols and names and establishes continuity with nomenclatures developed for major vertebrate model organisms, including humans. Differences between the echinoderm gene nomenclature guidelines and vertebrate guidelines are examined and explained. This nomenclature incorporates novel solutions to allow for several types of orthologous relationships, including the single echinoderm genes with multiple vertebrate co-orthologs that result from whole-genome-duplication events. The current version of the Echinoderm Gene Nomenclature Guidelines can be found at https://www.echinobase.org/gene/static/geneNomenclature.jsp Database URL https://www.echinobase.org/
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影响因子：
4
作者：
Davidson, Eric H.
通讯作者：
Davidson, Eric H.
影响因子：
1.5
作者：
James-Zorn, Christina;Ponferrada, Virgillio G.;Vize, Peter D.
通讯作者：
Vize, Peter D.
DOI：
10.1007/978-1-4939-7737-6_12
发表时间：
2018-01-01
期刊：
EUKARYOTIC GENOMIC DATABASES: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Cary, Gregory A.;Cameron, R. Andrew;Hinman, Veronica F.
通讯作者：
Hinman, Veronica F.
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7
作者：
Barriere, Antoine;Yang, Shiaw-Pyng;Ruvinsky, Ilya
通讯作者：
Ruvinsky, Ilya
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9.8
作者：
Dehal P;Boore JL
通讯作者：
Boore JL