GeomBD3: Brownian Dynamics Simulation Software for Biological and Engineered Systems.
GeomBD3: Brownian Dynamics Simulation Software for Biological and Engineered Systems.
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DOI：
10.1021/acs.jcim.1c01387
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发表时间：
2022-05-23
影响因子：
5.6
通讯作者：
Chang, Chia-En A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cholko, Timothy;Kaushik, Shivansh;Wu, Kingsley Y.;Montes, Ruben;Chang, Chia-En A.
GeomBD3是一个强大的布朗动力学仿真包，旨在轻松处理不同环境和安排下的自然或工程系统。本文描述的软件包允许用户设计、执行和分析BD模拟。模拟使用全原子、刚性分子模型，根据过阻尼朗格万动力学扩散，并通过静电、伦纳德-琼斯和配体脱溶电位相互作用。该程序自动计算分子的关联率，表面停留时间，并为任何数量的用户定义的关联标准的关联统计。用户还可以使用提供的补充分析脚本提取分子关联途径、扩散系数、分子间相互作用能、分子间接触概率图等。我们详细介绍了包装从开始到结束的使用，并将其应用于蛋白质配体系统和大型核酸生物传感器。GeomBD3为来自不同学科的研究人员提供了一个多功能工具，可以帮助合理设计工程系统，或者作为实验的补充发挥解释作用。GeomBD版本3可在我们的网站http://chemcha-gpu0.ucr.edu/geombd3/和KBbox https://kbbox.h-its.org/toolbox/methods/molecular-simulation/geombd/上获得。
GeomBD3 is a robust Brownian dynamics simulation package designed to easily handle natural or engineered systems in diverse environments and arrangements. The software package described herein allows users to design, execute, and analyze BD simulations. The simulations use all-atom, rigid molecular models that diffuse according to overdamped Langevin dynamics and interact through electrostatic, Lennard-Jones, and ligand desolvation potentials. The program automatically calculates molecular association rates, surface residence times, and association statistics for any number of user-defined association criteria. Users can also extract molecular association pathways, diffusion coefficients, intermolecular interaction energies, intermolecular contact probability maps, and more using the provided supplementary analysis scripts. We detail the use of the package from start to finish and apply it to a protein–ligand system and a large nucleic acid biosensor. GeomBD3 provides a versatile tool for researchers from various disciplines that can aid in rational design of engineered systems or play an explanatory role as a complement to experiments. GeomBD version 3 is available on our website at http://chemcha-gpu0.ucr.edu/geombd3/ and KBbox at https://kbbox.h-its.org/toolbox/methods/molecular-simulation/geombd/.
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