The regulatory landscape of Arabidopsis thaliana roots at single-cell resolution.
The regulatory landscape of Arabidopsis thaliana roots at single-cell resolution.
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DOI：
10.1038/s41467-021-23675-y
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发表时间：
2021-06-07
影响因子：
16.6
通讯作者：
Cuperus JT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dorrity MW;Alexandre CM;Hamm MO;Vigil AL;Fields S;Queitsch C;Cuperus JT
缺乏可访问的网站，是动态的或细胞类型的具体植物可能是由于在批量研究的组织异质性。为了评估组织异质性的影响，我们将单细胞ATAC-seq应用于拟南芥根，并确定了数千个差异可访问的位点，足以解决根的所有主要细胞类型。我们发现，一个细胞的监管景观和其转录组的整体独立捕获细胞类型的身份。我们利用这种关于细胞身份的共享信息来整合可访问性和转录组数据，以表征发育进程，核内复制和细胞分裂。我们进一步使用组合数据来表征转录因子家族的细胞类型特异性基序富集，并将家族成员的表达与特定位点的可及性变化联系起来，解决了塑造表达的直接和间接影响。我们的方法提供了一个分析框架来推断执行植物发育的基因调控网络。染色质可及性是拟南芥中调控DNA的主要标志，现有的研究主要是基于大量样品。在这里，作者报告了拟南芥根在单细胞分辨率的监管景观。
The scarcity of accessible sites that are dynamic or cell type-specific in plants may be due in part to tissue heterogeneity in bulk studies. To assess the effects of tissue heterogeneity, we apply single-cell ATAC-seq to Arabidopsis thaliana roots and identify thousands of differentially accessible sites, sufficient to resolve all major cell types of the root. We find that the entirety of a cell’s regulatory landscape and its transcriptome independently capture cell type identity. We leverage this shared information on cell identity to integrate accessibility and transcriptome data to characterize developmental progression, endoreduplication and cell division. We further use the combined data to characterize cell type-specific motif enrichments of transcription factor families and link the expression of family members to changing accessibility at specific loci, resolving direct and indirect effects that shape expression. Our approach provides an analytical framework to infer the gene regulatory networks that execute plant development. Existing studies of the chromatin accessibility, the primary mark of regulatory DNA, in Arabidopsis are based mainly on bulk samples. Here, the authors report the regulatory landscape of Arabidopsis thaliana roots at single-cell resolution.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
11.6
作者：
Chen, Yi-Fang;Li, Li-Qin;Wu, Wei-Hua
通讯作者：
Wu, Wei-Hua
影响因子：
5.6
作者：
Long, Yun;Schiefelbein, John
通讯作者：
Schiefelbein, John
DOI：
10.1126/science.aau0730
发表时间：
2018-09-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
通讯作者：
Shendure J