Joint profiling of chromatin accessibility and gene expression in thousands of single cells.
Joint profiling of chromatin accessibility and gene expression in thousands of single cells.
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DOI：
10.1126/science.aau0730
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发表时间：
2018-09-28
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Shendure J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
虽然我们可以越来越多地测量单细胞分辨率的转录，染色质，甲基化等，但大多数分析仅调查细胞生物学的一个方面。在这里，我们描述了sci-CAR，这是一种基于组合索引的联合检测，可以在数千个单细胞中的每一个细胞中联合分析染色质可及性和mRNA。作为概念验证，我们将sci-CAR应用于包含地塞米松治疗时间序列的4，825个细胞，以及来自成年小鼠肾脏的11，296个细胞。由此产生的数据，我们比较了染色质的可及性和基因表达的伪时间动态，重建的染色质可及性的RNA配置文件所定义的细胞类型的配置文件，并连接顺式调控位点的基础上，染色质的可及性和转录在大量的单细胞的靶基因。一句话总结：我们开发并应用sci-CAR来联合分析系统中数千个单细胞的表观基因组和转录组，包括皮质醇反应和整个小鼠肾脏。
Although we can increasingly measure transcription, chromatin, methylation, etc. at single cell resolution, most assays survey only one aspect of cellular biology. Here we describe sci-CAR, a combinatorial indexing-based co-assay that jointly profiles chromatin accessibility and mRNA in each of thousands of single cells. As a proof-of-concept, we apply sci-CAR to 4,825 cells comprising a time-series of dexamethasone treatment, as well as to 11,296 cells from the adult mouse kidney. With the resulting data, we compare the pseudotemporal dynamics of chromatin accessibility and gene expression, reconstruct the chromatin accessibility profiles of cell types defined by RNA profiles, and link cis-regulatory sites to their target genes on the basis of the covariance of chromatin accessibility and transcription across large numbers of single cells. One Sentence Summary: We developed and applied sci-CAR to jointly profile the epigenome and transcriptome of thousands of single cells in systems including cortisol response and whole mouse kidney.
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影响因子：
48
作者：
Vitak SA;Torkenczy KA;Rosenkrantz JL;Fields AJ;Christiansen L;Wong MH;Carbone L;Steemers FJ;Adey A
通讯作者：
Adey A
糖皮质激素受体在巨噬细胞中协调转录因子主导的调节网络。
影响因子：
4.4
作者：
Chinenov Y;Coppo M;Gupte R;Sacta MA;Rogatsky I
通讯作者：
Rogatsky I
影响因子：
48
作者：
Ramani V;Deng X;Qiu R;Gunderson KL;Steemers FJ;Disteche CM;Noble WS;Duan Z;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
同时分析单个细胞的转录组和 DNA 甲基化组。
影响因子：
12.3
作者：
Hu Y;Huang K;An Q;Du G;Hu G;Xue J;Zhu X;Wang CY;Xue Z;Fan G
通讯作者：
Fan G
DOI：
10.1073/pnas.1710964114
发表时间：
2017-11-14
影响因子：
11.1
作者：
Chen, Lihe;Lee, Jae Wook;Knepper, Mark A.
通讯作者：
Knepper, Mark A.