Lineage tracing and analog recording in mammalian cells by single-site DNA writing.
Lineage tracing and analog recording in mammalian cells by single-site DNA writing.
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DOI：
10.1038/s41589-021-00769-8
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发表时间：
2021-06
影响因子：
14.8
通讯作者：
Liu CC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Loveless TB;Grotts JH;Schechter MW;Forouzmand E;Carlson CK;Agahi BS;Liang G;Ficht M;Liu B;Xie X;Liu CC
研究复杂的多细胞生物体中的细胞和发育过程可能需要对动物体内数千到数十亿个细胞进行非破坏性观察。DNA记录仪解决了这项任务的惊人困难，它将短暂的细胞经验转换为定义的基因组位置的突变，稍后可以高通量进行测序。然而，现有的记录器主要通过擦除DNA来发挥作用。这是有问题的，因为在渐进式擦除的限制下，没有记录保留。我们提出了一种DNA记录器，称为chyron(有序插入细胞历史记录)，其主要作用是通过在时间顺序的单个位置重复插入随机核苷酸来写入新的DNA。为了实现体内DNA的写入，chyron将归巢引导RNA Cas9和模板无关的DNA聚合酶TDT结合在一起。我们成功地应用乳胶原作为一种进化的谱系示踪剂和作为用户选择的细胞刺激的记录器。
Studying cellular and developmental processes in complex multicellular organisms can require the non-destructive observation of thousands to billions of cells deep within an animal. DNA recorders address the staggering difficulty of this task by converting transient cellular experiences into mutations at defined genomic sites that can be sequenced later in high throughput. However, existing recorders act primarily by erasing DNA. This is problematic because, in the limit of progressive erasure, no record remains. We present a DNA recorder called CHYRON (Cell HistorY Recording by Ordered iNsertion) that acts primarily by writing new DNA through the repeated insertion of random nucleotides at a single locus in temporal order. To achieve in vivo DNA writing, CHYRON combines Cas9, a homing guide RNA, and the template-independent DNA polymerase TdT. We successfully applied CHYRON as an evolving lineage tracer and as a recorder of user-selected cellular stimuli.
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影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Komor AC;Kim YB;Packer MS;Zuris JA;Liu DR
通讯作者：
Liu DR
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
DOI：
10.1126/science.aaf7907
发表时间：
2016-07-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
McKenna A;Findlay GM;Gagnon JA;Horwitz MS;Schier AF;Shendure J
通讯作者：
Shendure J