Identification and localisation of the NB-LRR gene family within the potato genome.
Identification and localisation of the NB-LRR gene family within the potato genome.
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DOI：
10.1186/1471-2164-13-75
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发表时间：
2012-02-15
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Hein I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jupe F;Pritchard L;Etherington GJ;Mackenzie K;Cock PJ;Wright F;Sharma SK;Bolser D;Bryan GJ;Jones JD;Hein I
马铃薯基因组序列来自Solanum tuberosum Group Phureja克隆DM1-3 516 R44，为了解这一重要作物的基因组组成和组织提供了无与伦比的见解。组成绝大多数植物抗性(R)基因的一类关键基因包含一个核苷酸结合和富含亮氨酸的重复结构域，统称为NB-LRRs。作为加速功能R基因分离过程的一部分，我们对注释的马铃薯基因组进行了基于氨基酸基序的搜索，在大约39,000个马铃薯基因模型中鉴定了438个NB-LRR类型基因。在预测的基因中，77个含有N端Toll/白细胞介素1受体(TIR)样结构域，其余361个非TIR基因中有107个含有N端螺旋线圈(CC)结构域。在所有12条马铃薯染色体上建立了370个预测的NB-LRR基因的物理图谱位置。大多数NB-LRR在物理上组织在63个已识别的簇中，其中50个是同质的，因为它们包含来自最近共同祖先的NB-LRR。通过建立马铃薯NB-LRRS的系统发育和位置关系，我们的分析为马铃薯R基因的进化提供了重要的见解。此外，这些数据还为将来鉴定和更快速地克隆茄属植物中具有功能的NB-LRR基因提供了蓝图。
The potato genome sequence derived from the Solanum tuberosum Group Phureja clone DM1-3 516 R44 provides unparalleled insight into the genome composition and organisation of this important crop. A key class of genes that comprises the vast majority of plant resistance (R) genes contains a nucleotide-binding and leucine-rich repeat domain, and is collectively known as NB-LRRs. As part of an effort to accelerate the process of functional R gene isolation, we performed an amino acid motif based search of the annotated potato genome and identified 438 NB-LRR type genes among the ~39,000 potato gene models. Of the predicted genes, 77 contain an N-terminal toll/interleukin 1 receptor (TIR)-like domain, and 107 of the remaining 361 non-TIR genes contain an N-terminal coiled-coil (CC) domain. Physical map positions were established for 370 predicted NB-LRR genes across all 12 potato chromosomes. The majority of NB-LRRs are physically organised within 63 identified clusters, of which 50 are homogeneous in that they contain NB-LRRs derived from a recent common ancestor. By establishing the phylogenetic and positional relationship of potato NB-LRRs, our analysis offers significant insight into the evolution of potato R genes. Furthermore, the data provide a blueprint for future efforts to identify and more rapidly clone functional NB-LRR genes from Solanum species.
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影响因子：
3
作者：
Bailey TL;Bodén M;Whitington T;Machanick P
通讯作者：
Machanick P
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
7.2
作者：
Bendahmane, A;Querci, M;Baulcombe, DC
通讯作者：
Baulcombe, DC
影响因子：
3.9
作者：
Cannon, SB;Zhu, HY;Young, ND
通讯作者：
Young, ND
影响因子：
7.2
作者：
Huang, SW;van der Vossen, EAG;Visser, RGF
通讯作者：
Visser, RGF