MAGpy: a reproducible pipeline for the downstream analysis of metagenome-assembled genomes (MAGs)
MAGpy: a reproducible pipeline for the downstream analysis of metagenome-assembled genomes (MAGs)
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MAGpy：用于宏基因组组装基因组 (MAG) 下游分析的可重复管道
DOI：
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
M. Watson
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Robert D. Stewart;M. Auffret;T. Snelling;R. Roehe;M. Watson
生物信息学的最新进展使得从宏基因组（MAG）快速组装基因组成为可能，并且需要可重复的管道，其可以同时注释和分析数千个基因组。在这里，我们提出了MAGPy，一个Snakemake管道，它采用FASTA输入并将MAG与几个公共数据库进行比较，检查质量，分配分类并绘制系统发育树。
Recent advances in bioinformatics have enabled the rapid assembly of genomes from metagenomes (MAGs), and there is a need for reproducible pipelines that can annotate and characterise thousands of genomes simultaneously. Here we present MAGpy, a Snakemake pipeline that takes FASTA input and compares MAGs to several public databases, checks quality, assigns a taxonomy and draws a phylogenetic tree.
DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
--
作者：
Systems Biology
通讯作者：
Systems Biology
影响因子：
14.9
作者：
Finn RD;Bateman A;Clements J;Coggill P;Eberhardt RY;Eddy SR;Heger A;Hetherington K;Holm L;Mistry J;Sonnhammer EL;Tate J;Punta M
通讯作者：
Punta M