Pfam: the protein families database.
Pfam: the protein families database.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1223
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Punta M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Finn RD;Bateman A;Clements J;Coggill P;Eberhardt RY;Eddy SR;Heger A;Hetherington K;Holm L;Mistry J;Sonnhammer EL;Tate J;Punta M
Pfam可以通过英国（http://pfam.sanger.ac.uk/）和美国（http://pfam.janelia.org/）的服务器获得，它是一个广泛使用的蛋白质家族数据库，目前的版本是27.0，包含14831个人工整理的条目。自2年前的最后一篇更新文章以来，我们已经生成了1182个新家族，并将UniProt知识库（UniProtKB）的序列覆盖率保持在近80%，尽管底层序列数据库的大小增加了50%。自2012年我们发表了一篇描述Pfam的文章以来，我们还对Pfam在基本家族数据之外提供的功能进行了全面的回顾。对于每个功能，我们确定了相关性、计算负担、使用统计数据和功能在网站环境中的功能。作为这次审查的结果，我们删除了一些功能，增强了其他功能，并开发了新的功能，以满足计算生物学不断变化的需求。在这里，我们描述了Pfam内容的变化。值得注意的是，我们现在提供基于四种不同的代表性蛋白质组序列数据集的家族比对和一个新的交互式DNA搜索界面。我们还讨论了Pfam和已知三维结构之间的映射。
Pfam, available via servers in the UK (http://pfam.sanger.ac.uk/) and the USA (http://pfam.janelia.org/), is a widely used database of protein families, containing 14 831 manually curated entries in the current release, version 27.0. Since the last update article 2 years ago, we have generated 1182 new families and maintained sequence coverage of the UniProt Knowledgebase (UniProtKB) at nearly 80%, despite a 50% increase in the size of the underlying sequence database. Since our 2012 article describing Pfam, we have also undertaken a comprehensive review of the features that are provided by Pfam over and above the basic family data. For each feature, we determined the relevance, computational burden, usage statistics and the functionality of the feature in a website context. As a consequence of this review, we have removed some features, enhanced others and developed new ones to meet the changing demands of computational biology. Here, we describe the changes to Pfam content. Notably, we now provide family alignments based on four different representative proteome sequence data sets and a new interactive DNA search interface. We also discuss the mapping between Pfam and known 3D structures.
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影响因子：
14.9
作者：
Sillitoe I;Cuff AL;Dessailly BH;Dawson NL;Furnham N;Lee D;Lees JG;Lewis TE;Studer RA;Rentzsch R;Yeats C;Thornton JM;Orengo CA
通讯作者：
Orengo CA
Pfam：氏族、网络工具和服务。
影响因子：
14.9
作者：
Finn, Robert D.;Mistry, Jaina;Schuster-Bockler, Benjamin;Griffiths-Jones, Sam;Hollich, Volker;Lassmann, Timo;Moxon, Simon;Marshall, Mhairi;Khanna, Ajay;Durbin, Richard;Eddy, Sean R.;Sonnhammer, Erik L. L.;Bateman, Alex
通讯作者：
Bateman, Alex
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通讯作者：
HAUSSLER, D
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作者：
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通讯作者：
Simon, I
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作者：
Finn RD;Mistry J;Tate J;Coggill P;Heger A;Pollington JE;Gavin OL;Gunasekaran P;Ceric G;Forslund K;Holm L;Sonnhammer EL;Eddy SR;Bateman A
通讯作者：
Bateman A