Insights into the Evolution of Aphid Mitogenome Features from New Data and Comparative Analysis.
Insights into the Evolution of Aphid Mitogenome Features from New Data and Comparative Analysis.
复制标题
从新数据和比较分析深入了解蚜虫有丝分裂基因组特征的进化。
DOI：
10.3390/ani12151970
复制
发表时间：
2022-08-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
完整的有丝分裂基因组为研究昆虫的分子进化和系统发育关系提供了有用的信息。本文报道了三个新的蚜虫有丝分裂基因组，并通过比较基因组分析来探讨蚜虫有丝分裂基因组的一些独特特征的进化。所有三个有丝分裂基因组都包含独特的串联重复序列区域，并表现出明显的重排基因顺序。我们为串联重复区是蚜虫有丝分裂基因组的一个古老特征的观点提供了新的支持，也证明了在某些蚜虫有丝分裂基因组中发现的引人注目的基因重排在某些分类水平上是独立的枝特异性进化事件。这项研究提高了我们对蚜虫有丝分裂基因组进化的认识。完整的线粒体基因组及其重排模式可以为推断生物体的进化史提供有用的信息。蚜虫是一类具有独特丝分裂基因组特征的昆虫。在本研究中，为了研究蚜虫有丝分裂基因组的某些特征是独立的物种特异性进化事件还是在某些分类水平上的支系特异性进化事件，我们对三个新的蚜虫有丝分裂基因组（horaphidinae: Ceratovacuna keduensis, Pseudoregma panicola; Lachninae: Nippolachnus piri）进行了测序，并与所有已知的蚜虫有丝分裂基因组进行了比较。三个有丝分裂基因组长度为16,059-17,033 bp，包含37个典型线粒体基因，一个非编码控制区和一个串联重复区。它们的基因顺序都是高度重排的。在金蝇亚科中，重复区和有丝分裂基因组重排在角蝇亚科中存在，而在其他两个亚科中不存在，这表明这些可能是角蝇亚科特有的特征。两种Lachninae物种N. piri （Tuberolachnini）和Stomaphis sinisalicis （Stomaphidini）中相同的基因重排模式支持这一特征至少来自两个部落的共同祖先。总的来说，我们的数据和分析为蚜虫有丝分裂基因组基因重排和重复区域的进化模式提供了新的见解，并进一步证实了基因重排在阐明不同昆虫谱系进化历史中的潜在作用。
Complete mitogenomes provide useful information for investigating the molecular evolution and phylogenetic relationships of insects. This paper reports three new aphid mitogenomes, and provides comparative genomic analyses to investigate the evolution of some unique features of aphid mitogenomes. All three mitogenomes contain the unique tandem repeat region and exhibit notably rearranged gene orders. We provide new support for the idea that tandem repeat region is an ancient feature of aphid mitogenomes, and also demonstrate that the discovered striking gene rearrangements in some aphid mitogenomes are independent clade-specific evolutionary events at certain taxonomic levels. This study improves our understanding of aphid mitogenome evolution. The complete mitochondrial genomes and their rearrangement patterns can provide useful information for inferring evolutionary history of organisms. Aphids are one of the insect groups with some unique mitogenome features. In this study, to examine whether some features in aphid mitogenomes are independent species-specific evolutionary events or clade-specific events at certain taxonomic levels, we sequenced three new aphid mitogenomes (Hormaphidinae: Ceratovacuna keduensis, Pseudoregma panicola; Lachninae: Nippolachnus piri) and compared them with all known aphid mitogenomes. The three mitogenomes are 16,059–17,033 bp in length, with a set of 37 typical mitochondrial genes, a non-coding control region and a tandem repeat region. The gene orders of them are all highly rearranged. Within the subfamily Hormaphidinae, the presence of repeat region and mitogenome rearrangement in Cerataphidini species but not in the other two tribes indicate that these may be Cerataphidini-specific features. The same gene rearrangement pattern in the two Lachninae species, N. piri (Tuberolachnini) and Stomaphis sinisalicis (Stomaphidini), supports that this feature should be at least derived from the common ancestor of two tribes. Overall, our data and analyses provide new insights into the evolutionary patterns of gene rearrangement and repeat region in aphid mitogenomes, and further corroborate the potential role of gene rearrangement in elucidating the evolutionary history of different insect lineages.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1080/23802359.2021.1888334
发表时间：
2021-03-18
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
An L;Fang Z;Weng Q
通讯作者：
Weng Q
Greenidea ficicola（半翅目：蚜虫：Greenideinae）的完整线粒体基因组，一种ficus的害虫。
DOI：
10.1080/23802359.2019.1699472
发表时间：
2019-12-12
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Liu Q;Zhang H;Deng J;Lin X;Huang X
通讯作者：
Huang X
五翅目（昆虫纲：半翅目：异翅目）线粒体基因组的比较和系统基因组研究。
影响因子：
4.4
作者：
Hua, Jimeng;Li, Ming;Dong, Pengzhi;Cui, Ying;Xie, Qiang;Bu, Wenjun
通讯作者：
Bu, Wenjun
DOI：
10.1080/23802359.2020.1715878
发表时间：
2020-01-29
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Nong X;Liu Y;Wang L;Zhong S;Yu X;Xie Y
通讯作者：
Xie Y
DOI：
10.1080/23802359.2017.1303345
发表时间：
2017-03-23
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Ren ZM;Wen J
通讯作者：
Wen J