Identification of functional modules that correlate with phenotypic difference: the influence of network topology.
Identification of functional modules that correlate with phenotypic difference: the influence of network topology.
复制标题
DOI：
10.1186/gb-2010-11-2-r23
复制
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
DeLisi C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hung JH;Whitfield TW;Yang TH;Hu Z;Weng Z;DeLisi C
描述了一种基因集浓缩分析方法，用于将网络拓扑包括在表型改变所涉及的基因的识别中。分类：基因组研究，方法后基因组生物学的一个重要挑战是将观察到的表型变化与潜在的基因集体变化联系起来。然而，目前的推理方法总是省略了大量关于基因之间关系的信息。我们提出了一种考虑这种信息的方法--用相关网络的拓扑表示--并将该方法应用于当前基因集丰富分析的过程中。
A gene set enrichment analysis method for including network topology in the identification of genes involved in phenotypic alterations is described. Classifications: Genome studies, Methods One of the important challenges to post-genomic biology is relating observed phenotypic alterations to the underlying collective alterations in genes. Current inferential methods, however, invariably omit large bodies of information on the relationships between genes. We present a method that takes account of such information - expressed in terms of the topology of a correlation network - and we apply the method in the context of current procedures for gene set enrichment analysis.
登录
查看更多内容
影响因子：
37.3
作者：
Denkert C;Budczies J;Weichert W;Wohlgemuth G;Scholz M;Kind T;Niesporek S;Noske A;Buckendahl A;Dietel M;Fiehn O
通讯作者：
Fiehn O
影响因子：
3
作者：
Ackermann, Marit;Strimmer, Korbinian
通讯作者：
Strimmer, Korbinian
影响因子：
--
作者：
Fujita A;Gomes LR;Sato JR;Yamaguchi R;Thomaz CE;Sogayar MC;Miyano S
通讯作者：
Miyano S
影响因子：
12.3
作者：
Eichler GS;Reimers M;Kane D;Weinstein JN
通讯作者：
Weinstein JN
影响因子：
100.3
作者：
Galli, Stephen J.;Grimbaldeston, Michele;Tsai, Mindy
通讯作者：
Tsai, Mindy