Experimental and Analytical Approaches for Improving the Resolution of Randomly Barcoded Transposon Insertion Sequencing (RB-TnSeq) Studies.
Experimental and Analytical Approaches for Improving the Resolution of Randomly Barcoded Transposon Insertion Sequencing (RB-TnSeq) Studies.
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提高随机条形码转座子插入测序（RB-TnSeq）研究分辨率的实验和分析方法。
DOI：
10.1021/acssynbio.2c00119
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发表时间：
2022-06-17
影响因子：
4.7
通讯作者：
Beckham, Gregg T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Borchert, Andrew J.;Bleem, Alissa;Beckham, Gregg T.
关键词：
随机条形码转座子插入测序（RB-TnSeq）是一种有效的多重方法，用于确定在目标选择条件下生长期间的微生物基因功能。该技术适用于各种宿主的生长、耐受性和持久性研究，但产生的大量数据可能使最关键基因靶标的鉴定复杂化。以恶臭假单胞菌KT 2440为例，提出了提高RB-TnSeq分辨率的实验和分析方法。几个关键参数，如基线媒体的选择，大大影响基因适应度的确定。我们还提出了增加基因适应度的统计置信度的选择，包括增加生物重复的数量和与选择条件平行的基线培养物的传代。这些考虑因素为从业者提供了几种选择来识别TnSeq数据集中的重要基因，从而简化代谢表征。
Randomly barcoded transposon insertion sequencing (RB-TnSeq) is an efficient, multiplexed method to determine microbial gene function during growth under a selection condition of interest. This technique applies to growth, tolerance, and persistence studies in a variety of hosts, but the wealth of data generated can complicate the identification of the most critical gene targets. Experimental and analytical methods for improving the resolution of RB-TnSeq are proposed, using Pseudomonas putida KT2440 as an example organism. Several key parameters, such as baseline media selection, substantially influence the determination of gene fitness. We also present options to increase statistical confidence in gene fitness, including increasing the number of biological replicates and passaging the baseline culture in parallel with selection conditions. These considerations provide practitioners with several options to identify genes of importance in TnSeq data sets, thereby streamlining metabolic characterization.
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影响因子：
28.3
作者：
Rand JM;Pisithkul T;Clark RL;Thiede JM;Mehrer CR;Agnew DE;Campbell CE;Markley AL;Price MN;Ray J;Wetmore KM;Suh Y;Arkin AP;Deutschbauer AM;Amador-Noguez D;Pfleger BF
通讯作者：
Pfleger BF
影响因子：
6.4
作者：
Hershey, David M.;Fiebig, Aretha;Crosson, Sean
通讯作者：
Crosson, Sean
影响因子：
64.8
作者：
Price, Morgan N.;Wetmore, Kelly M.;Deutschbauer, Adam M.
通讯作者：
Deutschbauer, Adam M.
影响因子：
4.4
作者：
Peterson, Brandon W.;Sharma, Prashant K.;Busscher, Henk J.
通讯作者：
Busscher, Henk J.
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3.2
作者：
BECK, CF;MUTZEL, R;MULLER, W
通讯作者：
MULLER, W