Refget: standardized access to reference sequences.
Refget: standardized access to reference sequences.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btab524
复制
发表时间：
2021-12-22
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Keane TM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yates AD;Adams J;Chaturvedi S;Davies RM;Laird M;Leinonen R;Nag R;Sheffield NC;Hofmann O;Keane TM
参考序列是为许多常见的生物信息学方法，特别是那些使用基因组测序的方法创建知识基线的关键。我们已经创建了refget，这是一个全球基因组学和健康联盟API规范，用于使用从序列本身衍生的标识符访问参考序列和子序列。我们在内部和云基础设施中提供了四个参考实现，一个合规套件和一个用于确保实现规范一致性的Web报告。refget规范可以在https://w3id.org/ga4gh/refget上找到。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Reference sequences are essential in creating a baseline of knowledge for many common bioinformatics methods, especially those using genomic sequencing. We have created refget, a Global Alliance for Genomics and Health API specification to access reference sequences and sub-sequences using an identifier derived from the sequence itself. We present four reference implementations across in-house and cloud infrastructure, a compliance suite and a web report used to ensure specification conformity across implementations. The refget specification can be found at: https://w3id.org/ga4gh/refget. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.7
作者：
Hart RK;Prlić A
通讯作者：
Prlić A
影响因子：
14.9
作者：
Mitchell AL;Scheremetjew M;Denise H;Potter S;Tarkowska A;Qureshi M;Salazar GA;Pesseat S;Boland MA;Hunter FMI;Ten Hoopen P;Alako B;Amid C;Wilkinson DJ;Curtis TP;Cochrane G;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
14.9
作者：
Karsch-Mizrachi, Ilene;Takagi, Toshihisa;Cochrane, Guy
通讯作者：
Cochrane, Guy
影响因子：
4.3
作者：
Love, Michael I.;Soneson, Charlotte;Patro, Rob
通讯作者：
Patro, Rob
影响因子：
14.9
作者：
Lee, Christopher M.;Barber, Galt P.;Kent, W. James
通讯作者：
Kent, W. James