Identification of recurrent type‐2 NF1 microdeletions reveals a mitotic nonallelic homologous recombination hotspot underlying a human genomic disorder
Identification of recurrent type‐2 NF1 microdeletions reveals a mitotic nonallelic homologous recombination hotspot underlying a human genomic disorder
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复发性 2 型 NF1 微缺失的鉴定揭示了人类基因组疾病背后的有丝分裂非等位同源重组热点
DOI：
10.1002/humu.22171
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Kehrer-Sawatzki H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vogt J;Mussotter T;Bengesser K;Claes K;Högel J;Chuzhanova N;van den Ende J;Mautner VF;Cooper DN;Messiaen L;Kehrer-Sawatzki H
非等位基因同源重组（NAHR）是人类基因组拷贝数变异的主要机制之一。虽然已经非常详细地分析了几种疾病相关的减数分裂NAHR断裂点，但有丝分裂NAHR的热点尚未得到很好的表征。2型NF 1微缺失主要起源于合子后，是研究有丝分裂NAHR特征的一个高信息量模型。在这里，使用定制设计的基于MLPA和PCR的方法来鉴定23种新的NAHR介导的2NF 1型缺失。对这23个2型缺失的断裂点分析，以及先前鉴定的17个NAHR介导的2型缺失，揭示了断裂点在旁系同源SUZ 12和SUZ 12 P序列中的不均匀分布。此外，对这一大组2型缺失的分析揭示了短片段（大小范围从57到253 bp）内的断点复发以及1.9 kb的新NAHR热点（称为PRS 4）的存在。该热点含有20%（8/40）的2型缺失断点，并含有253 bp的复发性断点区域BR 6，其中鉴定出4个独立的2型缺失断点。我们的研究结果表明，一个开放的染色质构象和短的非B DNA形成重复序列的组合可能倾向于SUZ 12和它的假基因之间的复发性有丝分裂NAHR事件。Mutat 33：1599-1609，2012.© 2012 Wiley Periodicals，Inc.
Nonallelic homologous recombination (NAHR) is one of the major mechanisms underlying copy number variation in the human genome. Although several disease‐associated meiotic NAHR breakpoints have been analyzed in great detail, hotspots for mitotic NAHR are not well characterized. Type‐2NF1microdeletions, which are predominantly of postzygotic origin, constitute a highly informative model with which to investigate the features of mitotic NAHR. Here, a custom‐designed MLPA‐ and PCR‐based approach was used to identify 23 novel NAHR‐mediated type‐2NF1deletions. Breakpoint analysis of these 23 type‐2 deletions, together with 17 NAHR‐mediated type‐2 deletions identified previously, revealed that the breakpoints are nonuniformly distributed within the paralogousSUZ12andSUZ12Psequences. Further, the analysis of this large group of type‐2 deletions revealed breakpoint recurrence within short segments (ranging in size from 57 to 253‐bp) as well as the existence of a novel NAHR hotspot of 1.9‐kb (termed PRS4). This hotspot harbored 20% (8/40) of the type‐2 deletion breakpoints and contains the 253‐bp recurrent breakpoint region BR6 in which four independent type‐2 deletion breakpoints were identified. Our findings indicate that a combination of an open chromatin conformation and short non‐B DNA‐forming repeats may predispose to recurrent mitotic NAHR events betweenSUZ12and its pseudogene. Hum Mutat 33:1599–1609, 2012. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.
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影响因子：
14.5
作者：
Belancio VP;Roy-Engel AM;Deininger PL
通讯作者：
Deininger PL
人类γ珠蛋白基因拷贝数不稳定的动态和过程
DOI：
10.1073/pnas.1003634107
发表时间：
2010
期刊：
Proceedings of the National Academy of Sciences
影响因子：
--
作者：
R. Neumann;Victoria E Lawson;A. Jeffreys
通讯作者：
A. Jeffreys
2 型 NF1 缺失非常不寻常，因为不存在非等位基因同源重组热点并且明显偏好雌性有丝分裂重组。
影响因子：
9.8
作者：
Katharina Steinmann;D. Cooper;L. Kluwe;N. Chuzhanova;C. Senger;E. Serra;C. Lázaro;M. Gilaberte;K. Wimmer;V. Mautner;H. Kehrer
通讯作者：
H. Kehrer
影响因子：
3.7
作者：
Beert, Eline;Brems, Hilde;Legius, Eric
通讯作者：
Legius, Eric
慢性丙型肝炎的治疗策略：自 1997 年美国国立卫生研究院共识制定会议以来的更新
影响因子：
4.1
作者：
Aijaz Ahmed;E. Keeffe
通讯作者：
E. Keeffe