Analysis of microbial compositions: a review of normalization and differential abundance analysis.
Analysis of microbial compositions: a review of normalization and differential abundance analysis.
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微生物组成的分析：归一化和差异丰度分析的综述。
DOI：
10.1038/s41522-020-00160-w
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发表时间：
2020-12-02
影响因子：
9.2
通讯作者：
Peddada SD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin H;Peddada SD
越来越多的研究人员发现微生物组与肥胖、炎症性肠病、艾滋病等多种人类疾病之间存在关联，而微生物组广泛关联研究的第一步是表征不同条件下人体微生物组的组成。在两个或多个环境之间确定差异丰度微生物，称为差异丰度（DA）分析，是一个具有挑战性的重要问题，在过去十年中受到了相当大的关注。文献中充分记载了观察到的微生物组数据（OTU/SV表）是零过量的相对丰度。由于相对丰度之和是一个常数，这些数据必然是组成数据。在这篇文章中，我们回顾了一些最近的DA分析方法，并描述他们的优点和缺点。
Increasingly, researchers are discovering associations between microbiome and a wide range of human diseases such as obesity, inflammatory bowel diseases, HIV, and so on. The first step towards microbiome wide association studies is the characterization of the composition of human microbiome under different conditions. Determination of differentially abundant microbes between two or more environments, known as differential abundance (DA) analysis, is a challenging and an important problem that has received considerable interest during the past decade. It is well documented in the literature that the observed microbiome data (OTU/SV table) are relative abundances with an excess of zeros. Since relative abundances sum to a constant, these data are necessarily compositional. In this article we review some recent methods for DA analysis and describe their strengths and weaknesses.
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