Transcriptome analysis reveals dysregulation of innate immune response genes and neuronal activity-dependent genes in autism.
Transcriptome analysis reveals dysregulation of innate immune response genes and neuronal activity-dependent genes in autism.
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DOI：
10.1038/ncomms6748
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发表时间：
2014-12-10
影响因子：
16.6
通讯作者：
Arking, Dan E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gupta, Simone;Ellis, Shannon E.;Ashar, Foram N.;Moes, Anna;Bader, Joel S.;Zhan, Jianan;West, Andrew B.;Arking, Dan E.
最近对自闭症相关基因组变异的研究表明存在极端异质性。大规模的转录组学应该补充这些结果，以确定自闭症的核心分子通路。在这里，我们报告的结果，从大规模的RNA测序工作，利用区域匹配的自闭症和控制大脑，以确定神经元和小胶质细胞基因强烈失调的自闭症皮质脑。值得注意的是，我们注意到，在小胶质细胞中对应于M2激活状态的基因表达模块与差异表达的神经元模块呈负相关，这意味着自闭症大脑中小胶质细胞反应失调与神经元活性依赖性基因的改变有关。这些观察结果提供了途径和候选基因，突出了先天免疫和神经元活动在自闭症病因学中的相互作用。 自闭症谱系障碍（ASD）是一种常见的、高度遗传的神经发育疾病，其特征是显著的遗传异质性。在这项研究中，作者使用RNA测序分析来表征自闭症和典型发育大脑之间转录组的差异。
Recent studies of genomic variation associated with autism have suggested the existence of extreme heterogeneity. Large-scale transcriptomics should complement these results to identify core molecular pathways underlying autism. Here we report results from a large-scale RNA sequencing effort, utilizing region-matched autism and control brains to identify neuronal and microglial genes robustly dysregulated in autism cortical brain. Remarkably, we note that a gene expression module corresponding to M2-activation states in microglia is negatively correlated with a differentially expressed neuronal module, implicating dysregulated microglial responses in concert with altered neuronal activity-dependent genes in autism brains. These observations provide pathways and candidate genes that highlight the interplay between innate immunity and neuronal activity in the aetiology of autism. Autism spectrum disorder (ASD) is a common, highly heritable neurodevelopmental condition characterized by marked genetic heterogeneity. In this study, the authors use RNA sequencing analyses to characterize differences in the transcriptome between autistic and typically developing brains.
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影响因子：
16.2
作者：
Iossifov I;Ronemus M;Levy D;Wang Z;Hakker I;Rosenbaum J;Yamrom B;Lee YH;Narzisi G;Leotta A;Kendall J;Grabowska E;Ma B;Marks S;Rodgers L;Stepansky A;Troge J;Andrews P;Bekritsky M;Pradhan K;Ghiban E;Kramer M;Parla J;Demeter R;Fulton LL;Fulton RS;Magrini VJ;Ye K;Darnell JC;Darnell RB;Mardis ER;Wilson RK;Schatz MC;McCombie WR;Wigler M
通讯作者：
Wigler M
DOI：
10.1093/biostatistics/kxr054
发表时间：
2012-04
期刊：
Biostatistics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hansen KD;Irizarry RA;Wu Z
通讯作者：
Wu Z
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
影响因子：
3
作者：
Langfelder P;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
影响因子：
4.4
作者：
Ellis SE;Gupta S;Ashar FN;Bader JS;West AB;Arking DE
通讯作者：
Arking DE