Modular Organization and Assembly of SWI/SNF Family Chromatin Remodeling Complexes.
Modular Organization and Assembly of SWI/SNF Family Chromatin Remodeling Complexes.
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DOI：
10.1016/j.cell.2018.09.032
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发表时间：
2018-11-15
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Kadoch C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mashtalir N;D'Avino AR;Michel BC;Luo J;Pan J;Otto JE;Zullow HJ;McKenzie ZM;Kubiak RL;St Pierre R;Valencia AM;Poynter SJ;Cassel SH;Ranish JA;Kadoch C
哺乳动物SWI/SNF（mSWI/SNF）ATP依赖性染色质重塑复合物是多亚基分子机器，在调节基因组结构中发挥重要作用，并且在人类癌症和发育障碍中经常被破坏。迄今为止，这些染色质调节剂的模块化组织和组装途径仍然未知，这对结构和功能的确定提出了主要障碍。在这里，我们阐明的架构和组装途径，在三个类的mSWI/SNF复合物-典型的BRGI/BRM相关因子（BAF），多溴相关的BAF（PBAF），和新定义的ncBAF复合物-并定义复合物的形成和稳定性的每个亚基的要求。使用亲和纯化的内源性复合物从哺乳动物和果蝇细胞加上交联质谱（CX-MS）和诱变，我们发现三个不同的和进化上保守的模块，他们的组织，和时间纳入这些模块到每个完整的mSWI/SNF复杂的类。最后，我们映射人类疾病相关的亚基和模块内的突变，定义特定的拓扑区域，亚基扰动后的影响。mSWI/SNF重塑复合物的组装途径映射描绘了三个不同的组织模块和人类疾病突变的背景。
Mammalian SWI/SNF (mSWI/SNF) ATP-dependent chromatin remodeling complexes are multi-subunit molecular machines that play vital roles in regulating genomic architecture and are frequently disrupted in human cancer and developmental disorders. To date, the modular organization and pathways of assembly of these chromatin regulators remain unknown, presenting a major barrier to structural and functional determination. Here, we elucidate the architecture and assembly pathway across three classes of mSWI/SNF complexes—canonical BRGI/BRM-associated factor (BAF), polybromo-associated BAF (PBAF), and newly defined ncBAF complexes—and define the requirement of each subunit for complex formation and stability. Using affinity purification of endogenous complexes from mammalian and Drosophila cells coupled with cross-linking mass spectrometry (CX-MS) and mutagenesis, we uncover three distinct and evolutionarily conserved modules, their organization, and the temporal incorporation of these modules into each complete mSWI/SNF complex class. Finally, we map human disease-associated mutations within subunits and modules, defining specific topological regions that are affected upon subunit perturbation. Mapping assembly pathways for mSWI/ SNF remodeling complexes delineates three distinct organizational modules and contextualizes human disease mutations.
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影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
64.5
作者：
Davoli T;Xu AW;Mengwasser KE;Sack LM;Yoon JC;Park PJ;Elledge SJ
通讯作者：
Elledge SJ
哺乳动物SWI/SNF复合物的蛋白质组学和生物信息学分析确定了在人类恶性肿瘤中的广泛作用。
影响因子：
30.8
作者：
Kadoch, Cigall;Hargreaves, Diana C.;Hodges, Courtney;Elias, Laura;Ho, Lena;Ranish, Jeff;Crabtree, Gerald R.
通讯作者：
Crabtree, Gerald R.
影响因子：
14.9
作者：
Deutsch EW;Csordas A;Sun Z;Jarnuczak A;Perez-Riverol Y;Ternent T;Campbell DS;Bernal-Llinares M;Okuda S;Kawano S;Moritz RL;Carver JJ;Wang M;Ishihama Y;Bandeira N;Hermjakob H;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA
DOI：
10.1088/1742-5468/2008/10/p10008
发表时间：
2008-10-01
影响因子：
2.4
作者：
Blondel, Vincent D.;Guillaume, Jean-Loup;Lefebvre, Etienne
通讯作者：
Lefebvre, Etienne