GenomicDistributions: fast analysis of genomic intervals with Bioconductor.
GenomicDistributions: fast analysis of genomic intervals with Bioconductor.
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DOI：
10.1186/s12864-022-08467-y
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发表时间：
2022-04-12
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Sheffield NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kupkova K;Mosquera JV;Smith JP;Stolarczyk M;Danehy TL;Lawson JT;Xue B;Stubbs JT 4th;LeRoy N;Sheffield NC
表观基因组分析依赖于广泛使用的检测（例如 ChIP-seq 和 ATAC-seq）输出的定义的基因组区域集。基因组区域集的统计分析和可视化对于回答基因调控中的生物学问题至关重要。随着表观基因组学界不断生成数据，对能够有效处理更丰富和更大的基因组区域集的软件工具的需求将会越来越大。在这里，我们介绍 GenomicDistributions，这是一个 R 包，用于快速、轻松地汇总和可视化基因组区域数据。 GenomicDistributions 提供了广泛的函数选择来计算基因组区域集的属性，例如特征距离、基因组分区重叠等。 GenomicDistributions 函数经过精心优化，可实现一流的速度，并且通常优于现有 R 包中的同类函数。 GenomicDistributions 还提供了生成可编辑 ggplot 对象的绘图函数。所有 GenomicDistributions 函数都遵循统一的命名方案，并且可以处理单个或多个区域集输入。 GenomicDistributions 提供了一种快速且可扩展的工具，用于探索性基因组区域集分析和可视化。 GenomicDistributions 在用户友好性、输出灵活性、功能广度和计算性能方面表现出色。 GenomicDistributions 可从 Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomicDistributions.html) 获取。在线版本包含可在 10.1186/s12864-022-08467-y 获取的补充材料。
Epigenome analysis relies on defined sets of genomic regions output by widely used assays such as ChIP-seq and ATAC-seq. Statistical analysis and visualization of genomic region sets is essential to answer biological questions in gene regulation. As the epigenomics community continues generating data, there will be an increasing need for software tools that can efficiently deal with more abundant and larger genomic region sets. Here, we introduce GenomicDistributions, an R package for fast and easy summarization and visualization of genomic region data. GenomicDistributions offers a broad selection of functions to calculate properties of genomic region sets, such as feature distances, genomic partition overlaps, and more. GenomicDistributions functions are meticulously optimized for best-in-class speed and generally outperform comparable functions in existing R packages. GenomicDistributions also offers plotting functions that produce editable ggplot objects. All GenomicDistributions functions follow a uniform naming scheme and can handle either single or multiple region set inputs. GenomicDistributions offers a fast and scalable tool for exploratory genomic region set analysis and visualization. GenomicDistributions excels in user-friendliness, flexibility of outputs, breadth of functions, and computational performance. GenomicDistributions is available from Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomicDistributions.html). The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-022-08467-y.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx346
发表时间：
2017-10-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Serra E
通讯作者：
Serra E
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv612
发表时间：
2016-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sheffield NC;Bock C
通讯作者：
Bock C
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv562
发表时间：
2016-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Díez-Villanueva A;Serra E;Buschbeck M;Peinado MA;Malinverni R
通讯作者：
Malinverni R
影响因子：
14.9
作者：
Bhasin, Jeffrey M.;Ting, Angela H.
通讯作者：
Ting, Angela H.