Population structure and transmission of Mycobacterium bovis in Ethiopia.
Population structure and transmission of Mycobacterium bovis in Ethiopia.
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DOI：
10.1099/mgen.0.000539
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发表时间：
2021-05
影响因子：
3.9
通讯作者：
van Tonder AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Almaw G;Mekonnen GA;Mihret A;Aseffa A;Taye H;Conlan AJK;Gumi B;Zewude A;Aliy A;Tamiru M;Olani A;Lakew M;Sombo M;Gebre S;Diguimbaye C;Hilty M;Fané A;Müller B;Hewinson RG;Ellis RJ;Nunez-Garcia J;Palkopoulou E;Abebe T;Ameni G;Parkhill J;Wood JLN;The Ethicobots Consortium;Berg S;van Tonder AJ
在埃塞俄比亚牛的牛结核病（BTB）是一个拥有非洲最大的国家牛群的牛的地方性的。密集的乳制品部门，大多数是城市周上，疾病的患病率最高。埃塞俄比亚先前的研究表明，主要原因是牛分枝杆菌，该研究已使用传统的分子工具进行了研究，包括缺失键入，螺旋分型和分枝杆菌散布的重复单位变量可重复数字数字串联串联重复（miru-vntr）。在这里，我们使用全基因组测序来检查埃塞俄比亚牛乳杆菌的种群结构。总共134 m。 对牛分离株进行了测序，其中包括来自85个主要是奶牛的128个基因组和从人类分离的6个基因组，源自埃塞俄比亚的12个研究地点。这些基因组基于杂种型，对先前描述的牛乳杆菌的种群结构提供了很好的表示，并证明了种群由非洲克隆综合体（AF2）（AF2）和欧洲3（EU3）主导。在分离株中观察到了一系列宿主内多样性，并发现了短途和长距离传播的证据。对EU3克隆复合物的可用基因组的详细分析与先前发表的基因组相结合，发现该克隆复合物在1950年至1987年之间将这种克隆复合物引入了两个不同的引入，可能来自欧洲。这项工作对于帮助更好地了解埃塞俄比亚牛的BTB传播很重要，并且有可能为埃塞俄比亚及其他地区的BTB控制策略提供信息。
Bovine tuberculosis (bTB) is endemic in cattle in Ethiopia, a country that hosts the largest national cattle herd in Africa. The intensive dairy sector, most of which is peri-urban, has the highest prevalence of disease. Previous studies in Ethiopia have demonstrated that the main cause is Mycobacterium bovis , which has been investigated using conventional molecular tools including deletion typing, spoligotyping and Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat (MIRU-VNTR). Here we use whole-genome sequencing to examine the population structure of M. bovis in Ethiopia. A total of 134 M . bovis isolates were sequenced including 128 genomes from 85 mainly dairy cattle and six genomes isolated from humans, originating from 12 study sites across Ethiopia. These genomes provided a good representation of the previously described population structure of M. bovis , based on spoligotyping and demonstrated that the population is dominated by the clonal complexes African 2 (Af2) and European 3 (Eu3). A range of within-host diversity was observed amongst the isolates and evidence was found for both short- and long-distance transmission. Detailed analysis of available genomes from the Eu3 clonal complex combined with previously published genomes revealed two distinct introductions of this clonal complex into Ethiopia between 1950 and 1987, likely from Europe. This work is important to help better understand bTB transmission in cattle in Ethiopia and can potentially inform national strategies for bTB control in Ethiopia and beyond.
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通过分枝杆菌亚种的整个基因组测序鉴定的串联重复键入的局限性。国家和牛群的旁结核病。
影响因子：
4.4
作者：
Ahlstrom C;Barkema HW;Stevenson K;Zadoks RN;Biek R;Kao R;Trewby H;Haupstein D;Kelton DF;Fecteau G;Labrecque O;Keefe GP;McKenna SL;De Buck J
通讯作者：
De Buck J
影响因子：
6.7
作者：
Biek, Roman;O'Hare, Anthony;Kao, Rowland R.
通讯作者：
Kao, Rowland R.
影响因子：
11.8
作者：
Firdessa R;Berg S;Hailu E;Schelling E;Gumi B;Erenso G;Gadisa E;Kiros T;Habtamu M;Hussein J;Zinsstag J;Robertson BD;Ameni G;Lohan AJ;Loftus B;Comas I;Gagneux S;Tschopp R;Yamuah L;Hewinson G;Gordon SV;Young DB;Aseffa A
通讯作者：
Aseffa A
由于结核分枝杆菌的复发或再感染引起的复发：在大型，基于人群的队列中，全基因组测序方法具有较高的HIV感染患病率和主动随访。
DOI：
10.1093/infdis/jiu574
发表时间：
2015-04-01
期刊：
The Journal of infectious diseases
影响因子：
--
作者：
Guerra-Assunção JA;Houben RM;Crampin AC;Mzembe T;Mallard K;Coll F;Khan P;Banda L;Chiwaya A;Pereira RP;McNerney R;Harris D;Parkhill J;Clark TG;Glynn JR
通讯作者：
Glynn JR
影响因子：
4.3
作者：
Ameni G;Tafess K;Zewde A;Eguale T;Tilahun M;Hailu T;Sirak A;Salguero FJ;Berg S;Aseffa A;Hewinson RG;Vordermeier HM
通讯作者：
Vordermeier HM