APOBEC3 proteins can copackage and comutate HIV-1 genomes.
APOBEC3 proteins can copackage and comutate HIV-1 genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gkw653
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发表时间：
2016-09-19
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pathak VK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Desimmie BA;Burdick RC;Izumi T;Doi H;Shao W;Alvord WG;Sato K;Koyanagi Y;Jones S;Wilson E;Hill S;Maldarelli F;Hu WS;Pathak VK
尽管 APOBEC3 胞苷脱氨酶 A3G、A3F、A3D 和 A3H 被包装到病毒粒子中并通过诱导 G 至 A 超突变来抑制病毒复制，但尚不清楚它们是否共同包装以及它们是否可以叠加或协同作用来抑制 HIV-1 复制。在这里，我们证明可以通过使用单病毒颗粒荧光显微镜观察荧光标记的 APOBEC3 蛋白来共包装 APOBEC3 蛋白。我们进一步确定，在 A3G + A3F 和 A3G + A3H 存在的情况下产生的病毒表现出病毒 cDNA 的广泛突变，这是根据 A3G（GG-to-AG）和 A3D、A3F 或 A3H（GA-to-AA）编辑位点背景下原病毒基因组中 G-to-A 突变的频率确定的。 A3G + A3F 和 A3G + A3H 的共同包装分别导致 GA 至 AA 突变频率的加性增加和适度协同增加（1.8 倍）。我们还确定了每个 APOBEC3 蛋白的不同编辑位点三核苷酸序列背景，并使用它们来表明 A3G、A3F（或 A3H）、A3D 和 A3G + A3F（或 A3H）诱导了 7 名患者的前病毒 DNA 的超突变。这些结果表明APOBEC3蛋白可以共同包装并且可以对相同的基因组进行交换，并且可以合作抑制HIV复制。
Although APOBEC3 cytidine deaminases A3G, A3F, A3D and A3H are packaged into virions and inhibit viral replication by inducing G-to-A hypermutation, it is not known whether they are copackaged and whether they can act additively or synergistically to inhibit HIV-1 replication. Here, we showed that APOBEC3 proteins can be copackaged by visualization of fluorescently-tagged APOBEC3 proteins using single-virion fluorescence microscopy. We further determined that viruses produced in the presence of A3G + A3F and A3G + A3H, exhibited extensive comutation of viral cDNA, as determined by the frequency of G-to-A mutations in the proviral genomes in the contexts of A3G (GG-to-AG) and A3D, A3F or A3H (GA-to-AA) edited sites. The copackaging of A3G + A3F and A3G + A3H resulted in an additive increase and a modest synergistic increase (1.8-fold) in the frequency of GA-to-AA mutations, respectively. We also identified distinct editing site trinucleotide sequence contexts for each APOBEC3 protein and used them to show that hypermutation of proviral DNAs from seven patients was induced by A3G, A3F (or A3H), A3D and A3G + A3F (or A3H). These results indicate that APOBEC3 proteins can be copackaged and can comutate the same genomes, and can cooperate to inhibit HIV replication.
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影响因子：
5.6
作者：
Desimmie, Belete A.;Delviks-Frankenberrry, Krista A.;Burdick, Ryan C.;Qi, DongFei;Izumi, Taisuke;Pathak, Vinay K.
通讯作者：
Pathak, Vinay K.
影响因子：
3.3
作者：
Ebrahimi D;Anwar F;Davenport MP
通讯作者：
Davenport MP
影响因子：
5.4
作者：
Burdick, Ryan;Smith, Jessica L.;Pathak, Vinay K.
通讯作者：
Pathak, Vinay K.
影响因子：
3.7
作者：
Hardy GA;Sieg S;Rodriguez B;Anthony D;Asaad R;Jiang W;Mudd J;Schacker T;Funderburg NT;Pilch-Cooper HA;Debernardo R;Rabin RL;Lederman MM;Harding CV
通讯作者：
Harding CV
影响因子：
4.5
作者：
Armitage AE;Deforche K;Chang CH;Wee E;Kramer B;Welch JJ;Gerstoft J;Fugger L;McMichael A;Rambaut A;Iversen AK
通讯作者：
Iversen AK