TIM-Finder: a new method for identifying TIM-barrel proteins.
TIM-Finder: a new method for identifying TIM-barrel proteins.
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TIM-Finder：鉴定 TIM 桶蛋白的新方法
DOI：
10.1186/1472-6807-9-73
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发表时间：
2009-12-14
影响因子：
--
通讯作者：
Su XD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Si JN;Yan RX;Wang C;Zhang Z;Su XD
磷酸丙糖异构酶（Triosephosphate isomerase，TIM）桶折叠在不同生物的蛋白质组中广泛存在，已知的TIM桶蛋白具有多种功能。为了加快探索的序列结构蛋白景观的TIM桶倍，一个计算工具，允许灵敏的检测TIM桶蛋白是required.ResultsTo开发一个新的TIM桶蛋白质鉴定方法在这项工作中，我们考虑三个描述符：使用PSI-BLAST e值和比特分数的基于序列比对的描述符，基于二级结构元件比对（SSEA）的描述符，以及基于PROSITE功能基序的出现的描述符。在支持向量机（SVM）的辅助下，将这三种描述符结合起来，得到一种新的方法，我们称之为TIM-SVM。当测试对整个蛋白质组ofBacillus subtilis，TIM-桶蛋白能够检测194 TIM桶蛋白在99%的置信水平，优于PSI-BLAST搜索以及一个现有的折叠recognition methods. ConclusionsTIM-桶蛋白可以作为一个有竞争力的工具，蛋白质组范围的TIM桶蛋白鉴定。TIM-100网络服务器可在以下网址免费访问： http://202.112.170.199/TIM-Finder/ .
BackgroundThe triosephosphate isomerase (TIM)-barrel fold occurs frequently in the proteomes of different organisms, and the known TIM-barrel proteins have been found to play diverse functional roles. To accelerate the exploration of the sequence-structure protein landscape in the TIM-barrel fold, a computational tool that allows sensitive detection of TIM-barrel proteins is required.ResultsTo develop a new TIM-barrel protein identification method in this work, we consider three descriptors: a sequence-alignment-based descriptor using PSI-BLAST e-values and bit scores, a descriptor based on secondary structure element alignment (SSEA), and a descriptor based on the occurrence of PROSITE functional motifs. With the assistance of Support Vector Machine (SVM), the three descriptors were combined to obtain a new method with improved performance, which we call TIM-Finder. When tested on the whole proteome ofBacillus subtilis, TIM-Finder is able to detect 194 TIM-barrel proteins at a 99% confidence level, outperforming the PSI-BLAST search as well as one existing fold recognition method.ConclusionsTIM-Finder can serve as a competitive tool for proteome-wide TIM-barrel protein identification. The TIM-Finder web server is freely accessible at http://202.112.170.199/TIM-Finder/ .
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DOI：
10.1016/s0097-8485(96)80004-0
发表时间：
1996-03-01
期刊：
COMPUTERS & CHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Gribskov, M;Robinson, NL
通讯作者：
Robinson, NL
ProfNet，一种导出轮廓-轮廓比对评分函数的方法，可改善远缘相关蛋白质的比对。
影响因子：
3
作者：
Ohlson, T;Elofsson, A
通讯作者：
Elofsson, A
影响因子：
5.8
作者：
Chen, Ke;Kurgan, Lukasz
通讯作者：
Kurgan, Lukasz
影响因子：
14.9
作者：
Ginalski, K;Pas, J;Rychlewski, L
通讯作者：
Rychlewski, L
影响因子：
2.9
作者：
Battey, James N. D.;Kopp, Jurgen;Schwede, Torsten
通讯作者：
Schwede, Torsten