MouseIndelDB: a database integrating genomic indel polymorphisms that distinguish mouse strains.
MouseIndelDB: a database integrating genomic indel polymorphisms that distinguish mouse strains.
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DOI：
10.1093/nar/gkp1046
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Symer DE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Akagi K;Stephens RM;Li J;Evdokimov E;Kuehn MR;Volfovsky N;Symer DE
MouseIndelDB 是一个集成数据库资源，包含数千个先前未报告的小鼠基因组插入缺失（插入和删除）多态性，大小范围从 ∼100 nt 到 10 Kb。该数据库目前包含的多态性是通过我们对来自四个实验室小鼠品系的 2600 万个全基因组鸟枪序列轨迹进行比对而确定的，这些序列轨迹是使用 GMAP 与参考 C57BL/6J 基因组进行映射的。它们可以通过染色体坐标、附近的基因名称或其他基因组特征标识符在本地水平上进行查询，或者使用包括小鼠品系、多态性类别和染色体编号在内的类别以批量格式进行查询。此类查询的结果以 UCSC 小鼠基因组浏览器上的自定义轨迹或表格格式呈现。我们预计 MouseIndelDB 数据库将广泛用于哺乳动物遗传学、基因组学和进化生物学的研究。可免费访问 MouseIndelDB 数据库：http://variation.osu.edu/。
MouseIndelDB is an integrated database resource containing thousands of previously unreported mouse genomic indel (insertion and deletion) polymorphisms ranging from ∼100 nt to 10 Kb in size. The database currently includes polymorphisms identified from our alignment of 26 million whole-genome shotgun sequence traces from four laboratory mouse strains mapped against the reference C57BL/6J genome using GMAP. They can be queried on a local level by chromosomal coordinates, nearby gene names or other genomic feature identifiers, or in bulk format using categories including mouse strain(s), class of polymorphism(s) and chromosome number. The results of such queries are presented either as a custom track on the UCSC mouse genome browser or in tabular format. We anticipate that the MouseIndelDB database will be widely useful for research in mammalian genetics, genomics, and evolutionary biology. Access to the MouseIndelDB database is freely available at: http://variation.osu.edu/.
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