Experimental design for single-cell RNA sequencing.
Experimental design for single-cell RNA sequencing.
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DOI：
10.1093/bfgp/elx035
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发表时间：
2018-07-01
影响因子：
4
通讯作者：
Kirschner K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baran-Gale J;Chandra T;Kirschner K
单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 为表征多种细胞系统的异质性开辟了新途径。由于这是一项相对较新的技术，因此该领域正在快速发展。在这里，我们以 10x Chromium 为例讨论实验设计中的一般注意事项以及两种最流行的方法，即基于平板的 Smart-Seq2 和基于微滴的 scRNA-seq。我们讨论了两种方法的优缺点，并指出了设计成功实验时需要考虑的主要因素。
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has opened new avenues for the characterization of heterogeneity in a large variety of cellular systems. As this is a relatively new technique, the field is fast evolving. Here, we discuss general considerations in experimental design and the two most popular approaches, plate-based Smart-Seq2 and microdroplet-based scRNA-seq at the example of 10x Chromium. We discuss advantages and disadvantages of both methods and point out major factors to consider in designing successful experiments.
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影响因子：
64.8
作者：
Halpern KB;Shenhav R;Matcovitch-Natan O;Toth B;Lemze D;Golan M;Massasa EE;Baydatch S;Landen S;Moor AE;Brandis A;Giladi A;Avihail AS;David E;Amit I;Itzkovitz S
通讯作者：
Itzkovitz S
影响因子：
12.3
作者：
Bacher R;Kendziorski C
通讯作者：
Kendziorski C
影响因子：
16.6
作者：
Grover A;Sanjuan-Pla A;Thongjuea S;Carrelha J;Giustacchini A;Gambardella A;Macaulay I;Mancini E;Luis TC;Mead A;Jacobsen SE;Nerlov C
通讯作者：
Nerlov C
影响因子：
5.4
作者：
Alles J;Karaiskos N;Praktiknjo SD;Grosswendt S;Wahle P;Ruffault PL;Ayoub S;Schreyer L;Boltengagen A;Birchmeier C;Zinzen R;Kocks C;Rajewsky N
通讯作者：
Rajewsky N
DOI：
10.1073/pnas.1413624111
发表时间：
2014-12-02
影响因子：
11.1
作者：
Lin, Shin;Lin, Yiing;Snyder, Michael P.
通讯作者：
Snyder, Michael P.