FireDB--a database of functionally important residues from proteins of known structure.
FireDB--a database of functionally important residues from proteins of known structure.
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DOI：
10.1093/nar/gkl897
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tress M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lopez G;Valencia A;Tress M
FireDB数据库是一个包含已知结构蛋白质功能信息的数据库。它拥有已知具有重要功能的残基最全面且详细的信息库，将配体结合残基和催化残基整合在一个位点。该平台整合了从蛋白质数据库（Protein Data Bank）晶体结构中紧密原子接触筛选出的具有生物学相关性的数据，以及来自催化位点图谱（Catalytic Site Atlas）可靠注释的催化残基。该界面允许用户通过蛋白质、配体或关键词进行查询。相关的具有生物学重要性的残基以一种简单易读的方式显示，使用户能够评估同源蛋白质间结合位点的相似性。结合位点残基的变异也可以通过分子可视化工具查看。该数据库可在……获取。
The FireDB database is a databank for functional information relating to proteins with known structures. It contains the most comprehensive and detailed repository of known functionally important residues, bringing together both ligand binding and catalytic residues in one site. The platform integrates biologically relevant data filtered from the close atomic contacts in Protein Data Bank crystal structures and reliably annotated catalytic residues from the Catalytic Site Atlas. The interface allows users to make queries by protein, ligand or keyword. Relevant biologically important residues are displayed in a simple and easy to read manner that allows users to assess binding site similarity across homologous proteins. Binding site residue variations can also be viewed with molecular visualization tools. The database is available at
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影响因子：
14.9
作者：
Lee, Tzong-Yi;Huang, Hsien-Da;Hung, Jui-Hung;Huang, Hsi-Yuan;Yang, Yuh-Shyong;Wang, Tzu-Hao
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Berman, HM