dbPTM: an information repository of protein post-translational modification.
dbPTM: an information repository of protein post-translational modification.
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DOI：
10.1093/nar/gkj083
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang, Tzu-Hao
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee, Tzong-Yi;Huang, Hsien-Da;Hung, Jui-Hung;Huang, Hsi-Yuan;Yang, Yuh-Shyong;Wang, Tzu-Hao
dbPTM是一个数据库，汇集了有关蛋白质翻译后修饰（PTM）的信息，例如催化位点、氨基酸残基的溶剂可及性、蛋白质二级和三级结构、蛋白质结构域和蛋白质变异。该数据库包括Swiss-Prot、PhosphoELM和O-GLYCBASE的所有实验验证的PTM位点。只有一小部分Swiss-Prot蛋白质用实验验证的PTM注释。虽然Swiss-Prot提供了关于PTM的丰富信息，但蛋白质的其他结构性质和功能信息对于阐明蛋白质机制也是必不可少的。dbPTM通过改进我们先前开发的预测工具KinasePhos（），系统地识别针对Swiss-Prot蛋白的三种主要类型的蛋白PTM（磷酸化、糖基化和硫酸化）位点。溶剂可及性和二级结构的残基也计算预测和映射到PTM网站。该资源现在可以免费获得。
dbPTM is a database that compiles information on protein post-translational modifications (PTMs), such as the catalytic sites, solvent accessibility of amino acid residues, protein secondary and tertiary structures, protein domains and protein variations. The database includes all of the experimentally validated PTM sites from Swiss-Prot, PhosphoELM and O-GLYCBASE. Only a small fraction of Swiss-Prot proteins are annotated with experimentally verified PTM. Although the Swiss-Prot provides rich information about the PTM, other structural properties and functional information of proteins are also essential for elucidating protein mechanisms. The dbPTM systematically identifies three major types of protein PTM (phosphorylation, glycosylation and sulfation) sites against Swiss-Prot proteins by refining our previously developed prediction tool, KinasePhos (). Solvent accessibility and secondary structure of residues are also computationally predicted and are mapped to the PTM sites. The resource is now freely available at .
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作者：
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通讯作者：
Huang, KT
Kinasephos：用于识别蛋白激酶特异性磷酸化位点的Web工具。
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