Systematic prediction of gene function in Arabidopsis thaliana using a probabilistic functional gene network.
Systematic prediction of gene function in Arabidopsis thaliana using a probabilistic functional gene network.
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DOI：
10.1038/nprot.2011.372
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发表时间：
2011-08-25
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
AraNet 是参考植物拟南芥的功能基因网络，其构建目的是为了识别与植物性状相关的新基因。它对多种生物途径具有高度预测性，可用于对功能筛选的基因进行优先排序。此外，AraNet 提供了一个基于网络的工具，植物生物学家可以利用该工具有效地发现拟南芥基因的新功能（http://www.functionnet.org/aranet/）。该协议解释了如何使用 AraNet 进行基于网络的基因功能预测以及如何解释预测结果。通过将 AraNet 的候选优先级排序与重点实验测试相结合，可以促进植物生物学中的功能发现。
AraNet is a functional gene network for the reference plant Arabidopsis and has been constructed in order to identify new genes associated with plant traits. It is highly predictive for diverse biological pathways and can be used to prioritize genes for functional screens. Moreover, AraNet provides a web-based tool with which plant biologists can efficiently discover novel functions of Arabidopsis genes (http://www.functionalnet.org/aranet/). This protocol explains how to conduct network-based prediction of gene functions using AraNet and how to interpret the prediction results. Functional discovery in plant biology is facilitated by combining candidate prioritization by AraNet with focused experimental tests.
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