Probing RNA dynamics via longitudinal exchange and CPMG relaxation dispersion NMR spectroscopy using a sensitive 13C-methyl label.
Probing RNA dynamics via longitudinal exchange and CPMG relaxation dispersion NMR spectroscopy using a sensitive 13C-methyl label.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkq1361
复制
发表时间：
2011-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kreutz C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kloiber K;Spitzer R;Tollinger M;Konrat R;Kreutz C
通过13 C交换核磁共振谱，在未扰动平衡下研究了mRNA序列的重折叠动力学。为此目的，使用2′-13 C-甲氧基尿苷修饰来阐述简单的标记技术，其通过两步合成制备并使用标准方案引入RNA中。使用13 C纵向交换NMR光谱的20 nt的RNA的复性动力学的特点是在298和310 K之间的温度，产生的焓和熵之间的差异的构象在平衡和复性过程的活化能。更稳定的32 nt rRNA的动力学可以通过相同的方法在高温下，即在314和316 K下进行分析。最后，一个多稳定的RNA能够折叠成两个发夹和假打结构象的动力学进行了研究，通过13 C弛豫分散NMR光谱。
The refolding kinetics of bistable RNA sequences were studied in unperturbed equilibrium via 13C exchange NMR spectroscopy. For this purpose a straightforward labeling technique was elaborated using a 2′-13C-methoxy uridine modification, which was prepared by a two-step synthesis and introduced into RNA using standard protocols. Using 13C longitudinal exchange NMR spectroscopy the refolding kinetics of a 20 nt bistable RNA were characterized at temperatures between 298 and 310 K, yielding the enthalpy and entropy differences between the conformers at equilibrium and the activation energy of the refolding process. The kinetics of a more stable 32 nt bistable RNA could be analyzed by the same approach at elevated temperatures, i.e. at 314 and 316 K. Finally, the dynamics of a multi-stable RNA able to fold into two hairpin- and a pseudo-knotted conformation was studied by 13C relaxation dispersion NMR spectroscopy.
登录
查看更多内容
影响因子：
15
作者：
Millet, O;Loria, JP;Palmer, AG
通讯作者：
Palmer, AG
影响因子：
15
作者：
Hennig, Mirko;Scott, Lincoln G.;Williamson, James R.
通讯作者：
Williamson, James R.
影响因子：
2.9
作者：
Lesnik, EA;Freier, SM
通讯作者：
Freier, SM
影响因子：
2.7
作者：
Lundstroem, Patrik;Hansen, D. Flemming;Kay, Lewis E.
通讯作者：
Kay, Lewis E.
影响因子：
15
作者：
Kreutz, C;Kählig, H;Micura, R
通讯作者：
Micura, R