High-throughput genotyping with single nucleotide polymorphisms.
High-throughput genotyping with single nucleotide polymorphisms.
复制标题
单核苷酸多态性的高通量基因分型。
作者：
K. Ranade;Mau;C. Ting;D. Pei;C. Hsiao;M. Olivier;Robert Pesich;J. Hebert;Yii;V. Dzau;David Curb;R. Olshen;N. Risch;D. Cox;D. Botstein
为了使大规模关联研究成为现实，需要使用单核苷酸多态性（SNP）进行基因分型的自动高通量方法。我们描述了允许使用taqman或5'核酸酶歧视测定法，以使用任何SNP和计算方法键入大量个体，以自动分配基因型。为了证明这些方法的实用性，我们键入了> 1600个个体进行G-T-T trans术，在内皮一氧化氮合酶基因和G/C多态性（新的）中，在298的位置导致谷氨酸到天冬氨酸取代在我们的实验室中鉴定出11-β羟化酶基因的内含子8。基因分型方法是准确的，我们估计的错误率在2000年的基因型中的错误率少于1个，快速带有五台96孔PCR机器，一个荧光读取器和无自动化的移液，可以由一个超过一千个基因型由一个人产生。日子和灵活的A新SNP可以在不到一周的时间内测试关联。实际上，使用此方法为13个不同基因的其他23个SNP完成了大规模的基因分型。此外，我们确定了三个“伪SNP”（WIAF1161，WIAF2566和WIAF335），这可能是复制的结果。
To make large-scale association studies a reality, automated high-throughput methods for genotyping with single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are needed. We describe PCR conditions that permit the use of the TaqMan or 5' nuclease allelic discrimination assay for typing large numbers of individuals with any SNP and computational methods that allow genotypes to be assigned automatically. To demonstrate the utility of these methods, we typed >1600 individuals for a G-to-T transversion that results in a glutamate-to-aspartate substitution at position 298 in the endothelial nitric oxide synthase gene, and a G/C polymorphism (newly identified in our laboratory) in intron 8 of the 11-beta hydroxylase gene. The genotyping method is accurate-we estimate an error rate of fewer than 1 in 2000 genotypes, rapid-with five 96-well PCR machines, one fluorescent reader, and no automated pipetting, over one thousand genotypes can be generated by one person in one day, and flexible-a new SNP can be tested for association in less than one week. Indeed, large-scale genotyping has been accomplished for 23 other SNPs in 13 different genes using this method. In addition, we identified three "pseudo-SNPs" (WIAF1161, WIAF2566, and WIAF335) that are probably a result of duplication.
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影响因子：
158.5
作者：
WALSTON, J;SILVER, K;SHULDINER, AR
通讯作者：
SHULDINER, AR
DOI：
10.1165/ajrcmb/8.3.334
发表时间：
1993-03-01
影响因子：
6.4
作者：
REIHSAUS, E;INNIS, M;LIGGETT, SB
通讯作者：
LIGGETT, SB
影响因子：
7
作者：
Hacia, JC;Sun, B;Collins, FS
通讯作者：
Collins, FS
影响因子：
3.2
作者：
Ranade, K;Hsuing, AC;Risch, N
通讯作者：
Risch, N
影响因子：
56.9
作者：
Wang, DG;Fan, JB;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES