SNPExpress: integrated visualization of genome-wide genotypes, copy numbers and gene expression levels.
SNPExpress: integrated visualization of genome-wide genotypes, copy numbers and gene expression levels.
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SNPExpress：全基因组基因型，拷贝数和基因表达水平的综合可视化。
DOI：
10.1186/1471-2164-9-41
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发表时间：
2008-01-25
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Valk PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sanders MA;Verhaak RG;Geertsma-Kleinekoort WM;Abbas S;Horsman S;van der Spek PJ;Löwenberg B;Valk PJ
准确分析全面的全基因组 SNP 基因分型和基因表达数据集对许多研究人员来说是一项挑战。事实上，目前获得大规模 SNP 基因分型和基因表达的综合视图很复杂，因为可用的适当软件工具数量有限。我们推出 SNPExpress，这是一种软件工具，可以以组合且有效的方式准确分析 Affymetrix 和 Illumina SNP 基因型识别、拷贝数、多态性拷贝数变异 (CNV) 和 Affymetrix 基因表达。此外，SNPExpress 允许使用隐马尔可夫模型 (HMM) 推断的杂合性丢失 (LOH) 和拷贝数区域同时解释这些项目。与易于使用的软件工具 SNPExpress 相结合的分析不仅有助于识别复发性遗传病变，还有助于识别关键致病基因。
Accurate analyses of comprehensive genome-wide SNP genotyping and gene expression data sets is challenging for many researchers. In fact, obtaining an integrated view of both large scale SNP genotyping and gene expression is currently complicated since only a limited number of appropriate software tools are available. We present SNPExpress, a software tool to accurately analyze Affymetrix and Illumina SNP genotype calls, copy numbers, polymorphic copy number variations (CNVs) and Affymetrix gene expression in a combinatorial and efficient way. In addition, SNPExpress allows concurrent interpretation of these items with Hidden-Markov Model (HMM) inferred Loss-of-Heterozygosity (LOH)- and copy number regions. The combined analyses with the easily accessible software tool SNPExpress will not only facilitate the recognition of recurrent genetic lesions, but also the identification of critical pathogenic genes.
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影响因子：
3
作者：
Verhaak, Roel G. W.;Sanders, Mathijs A.;Bijl, Maarten A.;Delwel, Ruud;Horsman, Sebastiaan;Moorhouse, Michael J.;van der Spek, Peter J.;Lowenberg, Bob;Valk, Peter J. M.
通讯作者：
Valk, Peter J. M.
影响因子：
3.3
作者：
Huang, Chiang-Ching;Taylor, Jeremy M. G.;Kardia, Sharon L. R.
通讯作者：
Kardia, Sharon L. R.
影响因子：
4.4
作者：
Chari R;Lockwood WW;Coe BP;Chu A;Macey D;Thomson A;Davies JJ;MacAulay C;Lam WL
通讯作者：
Lam WL
影响因子：
11.2
作者：
Fitzgibbon, J;Smith, LL;Young, BD
通讯作者：
Young, BD
人类基因表达的群体基因组学。
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--