Uncovering the Principles of Genome Folding by 3D Chromatin Modeling.
Uncovering the Principles of Genome Folding by 3D Chromatin Modeling.
复制标题
通过 3D 染色质建模揭示基因组折叠原理。
DOI：
10.1101/cshperspect.a039693
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发表时间：
2022
影响因子：
7.2
通讯作者：
Alber,Frank
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yildirim,Asli;Boninsegna,Lorenzo;Zhan,Yuxiang;Alber,Frank
近年来，随着显微镜和基因组学技术的进步，我们对基因组DNA如何紧密堆积在细胞核内，但仍可用于重要的细胞过程的理解有了戏剧性的增长。计算方法在实验数据的结构解释中发挥了关键作用，这有助于揭开基因组折叠的一些组织原则。在这里，我们概述了目前在机械性和数据驱动的三维染色质结构建模方面的计算工作。我们讨论了不同方法的优点和局限性，并评估了计算方法的附加值和好处，以推断基因组的3D结构和动态特性及其在不同尺度和分辨率下的潜在机制，从染色质环和拓扑相关结构域的动态形成到染色质和核体的核分区。
Our understanding of how genomic DNA is tightly packed inside the nucleus, yet is still accessible for vital cellular processes, has grown dramatically over recent years with advances in microscopy and genomics technologies. Computational methods have played a pivotal role in the structural interpretation of experimental data, which helped unravel some organizational principles of genome folding. Here, we give an overview of current computational efforts in mechanistic and data-driven 3D chromatin structure modeling. We discuss strengths and limitations of different methods and evaluate the added value and benefits of computational approaches to infer the 3D structural and dynamic properties of the genome and its underlying mechanisms at different scales and resolution, ranging from the dynamic formation of chromatin loops and topological associated domains to nuclear compartmentalization of chromatin and nuclear bodies.
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通讯作者：
W. Tweed
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通讯作者：
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通讯作者：
MUIZELAAR, P
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DOI：
--
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期刊：
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--
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Robertson,D
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