Comparative single-cell transcriptomes of dose and time dependent epithelial-mesenchymal spectrums.
Comparative single-cell transcriptomes of dose and time dependent epithelial-mesenchymal spectrums.
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DOI：
10.1093/nargab/lqac072
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发表时间：
2022-09
影响因子：
4.6
通讯作者：
Hong, Tian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Panchy, Nicholas;Watanabe, Kazuhide;Takahashi, Masataka;Willems, Andrew;Hong, Tian
上皮-间充质转化（EMT）是一种参与发育和疾病进展的细胞过程。在肿瘤和纤维化组织中观察到中间EMT状态，但以前的体外研究集中在单剂量信号的时间依赖性反应;尚不清楚单细胞转录组是否支持在疾病中观察到的稳定中间体。在这里，我们对用多剂量TGF-β处理的人乳腺上皮细胞进行了单细胞RNA测序。我们发现，剂量依赖性EMT港口多个中间态在近稳态。剂量依赖性和时间依赖性EMT转录组的比较显示，剂量依赖性数据使得检测EMT相关基因的灵敏度更高。我们确定了时间依赖性EMT所特有的细胞簇，反映了细胞在稳定状态的过程中。结合剂量和时间依赖性细胞簇，可以准确预测癌症患者的预后。我们的转录组数据和分析揭示了单细胞分辨率下稳定的EMT连续体，以及两种类型的单细胞实验的互补信息。
Epithelial–mesenchymal transition (EMT) is a cellular process involved in development and disease progression. Intermediate EMT states were observed in tumors and fibrotic tissues, but previous in vitro studies focused on time-dependent responses with single doses of signals; it was unclear whether single-cell transcriptomes support stable intermediates observed in diseases. Here, we performed single-cell RNA-sequencing with human mammary epithelial cells treated with multiple doses of TGF-β. We found that dose-dependent EMT harbors multiple intermediate states at nearly steady state. Comparisons of dose- and time-dependent EMT transcriptomes revealed that the dose-dependent data enable higher sensitivity to detect genes associated with EMT. We identified cell clusters unique to time-dependent EMT, reflecting cells en route to stable states. Combining dose- and time-dependent cell clusters gave rise to accurate prognosis for cancer patients. Our transcriptomic data and analyses uncover a stable EMT continuum at the single-cell resolution, and complementary information of two types of single-cell experiments.
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影响因子：
14.9
作者：
Colaprico A;Silva TC;Olsen C;Garofano L;Cava C;Garolini D;Sabedot TS;Malta TM;Pagnotta SM;Castiglioni I;Ceccarelli M;Bontempi G;Noushmehr H
通讯作者：
Noushmehr H
影响因子：
3
作者：
Chung, Neo Christopher;Miasojedow, Blazej;Gambin, Anna
通讯作者：
Gambin, Anna
影响因子：
3.4
作者：
Li, Jianhua;Dong, Wei;Zhang, Yazhuo
通讯作者：
Zhang, Yazhuo
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作者：
Panchy N;Watanabe K;Hong T
通讯作者：
Hong T
基于RNA衰变驱动多模式基因表达的RNA衰变驱动的非模块振荡器和开关。
影响因子：
14.9
作者：
Nordick, Benjamin;Yu, Polly Y.;Liao, Guangyuan;Hong, Tian
通讯作者：
Hong, Tian