Transcriptome guided identification of novel functions of RECQ1 helicase.
Transcriptome guided identification of novel functions of RECQ1 helicase.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2016.04.018
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发表时间：
2016-10-01
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Sharma, Sudha
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lu, Xing;Parvathaneni, Swetha;Li, Xiao Ling;Lal, Ashish;Sharma, Sudha
在特定RecQ蛋白功能缺失的情况下基因表达的变化，以及它如何与RecQ解旋酶相关综合征中的疾病结局（包括癌症易感性和过早衰老）相关，目前尚不清楚。在这里，我们描述了识别RECQ 1调节的转录组的详细实验策略，这使我们发现RECQ 1在调节癌细胞迁移和侵袭中的新关联。我们启动了一项重点研究，以确定RECQ 1（人类中最丰富的RecQ蛋白）是否会改变基因表达，并研究RECQ 1是否与预测在靶基因启动子中形成G-四链体结构的G4基序结合。拯救选择RECQ 1下调基因的mRNA表达，携带G4基序需要野生型RECQ 1解旋酶。然而，一些RECQ 1调控的基因也受到BLM和WRN蛋白的调控，无论G4基序的存在与否。这里描述的方法是适用于系统比较的基因表达签名的个别RecQ蛋白在同基因背景，并阐明他们参与转录调控通过G-四链体识别和/或决议。这些策略还可能揭示在特定RecQ缺乏症中驱动癌症和其他疾病发病机制的分子途径。
Gene expression changes in the functional absence of a specific RecQ protein, and how that relates to disease outcomes including cancer predisposition and premature aging in RecQ helicase associated syndromes, are poorly understood. Here we describe detailed experimental strategy for identification of RECQ1-regulated transcriptome that led us to uncover a novel association of RECQ1 in regulation of cancer cell migration and invasion. We initiated a focused study to determine whether RECQ1, the most abundant RecQ protein in humans, alters gene expression and also investigated whether RECQ1 binds with G4 motifs predicted to form G-quadruplex structures in the target gene promoters. Rescue of mRNA expression of select RECQ1-downregulated genes harboring G4 motifs required wild-type RECQ1 helicase. However, some RECQ1-regulated genes are also regulated by BLM and WRN proteins regardless of the presence or absence of G4 motifs. The approach described here is applicable for systematic comparison of gene expression signatures of individual RecQ proteins in isogenic background, and to elucidate their participation in transcription regulation through G-quadruplex recognition and/or resolution. Such strategies might also reveal molecular pathways that drive the pathogenesis of cancer and other diseases in specific RecQ deficiency.
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