DNA bending by bHLH charge variants.
DNA bending by bHLH charge variants.
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DOI：
10.1093/nar/gkl552
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Maher LJ 3rd
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McDonald RJ;Kahn JD;Maher LJ 3rd
我们希望了解静电在 DNA 刚度和弯曲中的作用。 DNA 电荷塌陷模型表明，相邻磷酸盐之间的相互静电排斥对 DNA 硬度有显着影响。根据该模型，在带负电的 DNA 表面附近放置固定电荷应通过这些磷酸盐间排斥力的不对称减少或增强来诱导弯曲。我们之前曾报道过，Gcn4p 的延长碱性亮氨酸拉链 (bZIP) 结构域的带电变体以与电荷塌陷模型一致的方式弯曲 DNA。为了将这一结果扩展到更球形的蛋白质，我们对 Pho4p 的二聚体碱性螺旋-环-螺旋 (bHLH) 结构域进行了研究。 62 个氨基酸的 bHLH 结构域经过修饰，将带电氨基酸残基定位在 DNA 双螺旋一侧附近。正如对 bZIP 电荷变体所观察到的，DNA 向附加阳离子弯曲（远离蛋白质：DNA 界面）。然而，与 bZIP 蛋白不同，DNA 不会因 bHLH 阴离子电荷而弯曲。这一发现可以通过更球状的 bHLH 结构域的结构来解释，与 bZIP 蛋白相比，bHLH 结构域沿着结合面形成广泛的 DNA 接触。
We wish to understand the role of electrostatics in DNA stiffness and bending. The DNA charge collapse model suggests that mutual electrostatic repulsions between neighboring phosphates significantly contribute to DNA stiffness. According to this model, placement of fixed charges near the negatively charged DNA surface should induce bending through asymmetric reduction or enhancement of these inter-phosphate repulsive forces. We have reported previously that charged variants of the elongated basic-leucine zipper (bZIP) domain of Gcn4p bend DNA in a manner consistent with this charge collapse model. To extend this result to a more globular protein, we present an investigation of the dimeric basic-helix–loop–helix (bHLH) domain of Pho4p. The 62 amino acid bHLH domain has been modified to position charged amino acid residues near one face of the DNA double helix. As observed for bZIP charge variants, DNA bending toward appended cations (away from the protein:DNA interface) is observed. However, unlike bZIP proteins, DNA is not bent away from bHLH anionic charges. This finding can be explained by the structure of the more globular bHLH domain which, in contrast to bZIP proteins, makes extensive DNA contacts along the binding face.
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影响因子：
5.6
作者：
KONIG, P;RICHMOND, TJ
通讯作者：
RICHMOND, TJ
影响因子：
2.9
作者：
Gold, B
通讯作者：
Gold, B
DOI：
10.1101/sqb.1993.058.01.015
发表时间：
1993-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
KAHN, JD;CROTHERS, DM
通讯作者：
CROTHERS, DM
影响因子：
64.5
作者：
ELLENBERGER, TE;BRANDL, CJ;HARRISON, SC
通讯作者：
HARRISON, SC
影响因子：
2.9
作者：
KOO, HS;DRAK, J;CROTHERS, DM
通讯作者：
CROTHERS, DM