Characterization of the complete chloroplast genome of Microcycas calocoma (Zamiaceae), an Endangered monotypic cycad species from Cuba.
Characterization of the complete chloroplast genome of Microcycas calocoma (Zamiaceae), an Endangered monotypic cycad species from Cuba.
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DOI：
10.1080/23802359.2019.1679683
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发表时间：
2019-10-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gong X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu J;Lindstrom AJ;Gong X
美果微苏铁（Microcycas calocoma）是古巴特有的濒危苏铁属微苏铁（Microcycas）的单型种，是研究现存裸子植物进化的重要分类单元。本文报道了M. calocoma和表征该物种的基因组结构。M. Calocoma全长165，667 bp，包含135个基因，其中蛋白质编码基因88个，核糖体RNA基因8个，转运RNA基因39个。该基因组的GC含量为39.6%。系统基因组学研究表明M. calocoma大多与苏铁属泽米（Zamia）密切相关，这与先前基于多个核基因以及质体和核证据相结合的研究相对应。对M.本研究为苏铁/裸子植物叶绿体基因组的比较研究以及苏铁的保护遗传研究提供了重要的资料。胼胝体
Microcycas calocoma is the monotypic species from the critical endangered and endemic cycad genus Microcycas in Cuba, an important taxon to study the evolution of extant gymnosperms. Here we report the complete chloroplast sequences of M. calocoma and characterize the genome structure of this species. The genome size of M. calocoma is 165,667 bp in length which contains 135 genes, including 88 protein-coding genes, eight ribosomal RNA genes and 39 transfer RNA genes. The GC content of this genome is 39.6%. Phylogenomic study shows M. calocoma is mostly closely related to the cycad genus Zamia, which corresponds to previous studies based on multiple nuclear genes and combined plastid and nuclear evidence. The plastome information of M. calocoma offered by this study can contribute to further comparative chloroplast genome in cycads/gymnosperms as well as conservation genetic studies of M. calocoma.
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影响因子：
3.3
作者：
Wu CS;Chaw SM
通讯作者：
Chaw SM
影响因子：
5.1
作者：
Qu, Xiao-Jian;Moore, Michael J.;Yi, Ting-Shuang
通讯作者：
Yi, Ting-Shuang
影响因子：
10.7
作者：
Nguyen LT;Schmidt HA;von Haeseler A;Minh BQ
通讯作者：
Minh BQ
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts199
发表时间：
2012-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kearse M;Moir R;Wilson A;Stones-Havas S;Cheung M;Sturrock S;Buxton S;Cooper A;Markowitz S;Duran C;Thierer T;Ashton B;Meintjes P;Drummond A
通讯作者：
Drummond A
影响因子：
4.2
作者：
Salas-Leiva, Dayana E.;Meerow, Alan W.;Namoff, Sandra
通讯作者：
Namoff, Sandra