A single-cell based precision medicine approach using glioblastoma patient-specific models.
A single-cell based precision medicine approach using glioblastoma patient-specific models.
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DOI：
10.1038/s41698-022-00294-4
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发表时间：
2022-08-08
影响因子：
7.9
通讯作者：
Patel, Anoop P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Park, James H.;Feroze, Abdullah H.;Emerson, Samuel N.;Mihalas, Anca B.;Keene, C. Dirk;Cimino, Patrick J.;de Lomana, Adrian Lopez Garcia;Kannan, Kavya;Wu, Wei-Ju;Turkarslan, Serdar;Baliga, Nitin S.;Patel, Anoop P.
胶质母细胞瘤（GBM）是一种异质性肿瘤，由随时间演变的细胞状态组成。在这里，我们使用原发性肿瘤样品的多组学单细胞分析、接受标准治疗的相应小鼠异种移植物和尸检时的复发性肿瘤，对标准治疗期间的肿瘤演变轨迹进行建模。我们使用单细胞系统遗传学网络分析（scSYGNAL）挖掘多组学数据，以确定一个由52个调节因子组成的网络，这些调节因子介导治疗诱导的异种移植肿瘤细胞状态的变化，这些变化也反映在复发中。通过整合scSYGNAL衍生的调控网络信息与来自单细胞ATAC-seq数据的转录因子可及性偏差，我们开发了调节原发性和复发性肿瘤细胞亚群之间细胞状态转换的共识网络。最后，通过将靶向治疗与肿瘤进化轨迹相关的主动调控网络相匹配，我们提供了一个框架，用于将基于单细胞的精准医学方法应用于并发、辅助或复发环境中的个体患者。
Glioblastoma (GBM) is a heterogeneous tumor made up of cell states that evolve over time. Here, we modeled tumor evolutionary trajectories during standard-of-care treatment using multi-omic single-cell analysis of a primary tumor sample, corresponding mouse xenografts subjected to standard of care therapy, and recurrent tumor at autopsy. We mined the multi-omic data with single-cell SYstems Genetics Network AnaLysis (scSYGNAL) to identify a network of 52 regulators that mediate treatment-induced shifts in xenograft tumor-cell states that were also reflected in recurrence. By integrating scSYGNAL-derived regulatory network information with transcription factor accessibility deviations derived from single-cell ATAC-seq data, we developed consensus networks that modulate cell state transitions across subpopulations of primary and recurrent tumor cells. Finally, by matching targeted therapies to active regulatory networks underlying tumor evolutionary trajectories, we provide a framework for applying single-cell-based precision medicine approaches to an individual patient in a concurrent, adjuvant, or recurrent setting.
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影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
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Liberzon, Arthur;Subramanian, Aravind;Mesirov, Jill P.
通讯作者：
Mesirov, Jill P.
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作者：
Cantanhede IG;de Oliveira JRM
通讯作者：
de Oliveira JRM
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9
作者：
Lindner, Pablo;Paul, Sushmita;Schneider-Stock, Regine
通讯作者：
Schneider-Stock, Regine
Sox5 通过 Twist1 的反式激活诱导上皮细胞向间质细胞的转变
DOI：
10.1016/j.bbrc.2014.02.109
发表时间：
2014-03-28
影响因子：
3.1
作者：
Pei, Xin-Hong;Lv, Xin-Quan;Li, Hui-Xiang
通讯作者：
Li, Hui-Xiang