Analyzing the Complex Regulatory Landscape of Hfq - an Integrative, Multi-Omics Approach.
Analyzing the Complex Regulatory Landscape of Hfq - an Integrative, Multi-Omics Approach.
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DOI：
10.3389/fmicb.2017.01784
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发表时间：
2017
影响因子：
5.2
通讯作者：
Malone JG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grenga L;Chandra G;Saalbach G;Galmozzi CV;Kramer G;Malone JG
细菌对环境变化作出反应的能力是基于在需要时协调、重新定向和微调其基因库的能力。虽然我们可以从个体途径的简化分析和基因调控的全局方法中学到很多东西，但要更深入地了解这些复杂的信号网络，需要同时考虑基因组尺度上的几个调控层。为了强调这种方法的力量，我们分析了荧光假单胞菌模型中的Hfq转录/翻译调控网络。我们首先使用广泛的“组学”分析来评估hfq缺失如何影响mRNA丰度、mRNA翻译和蛋白质丰度。随后，这些数据集的多层次整合使我们能够突出Hfq在不同水平上对基因调控的离散贡献。我们在这里描述的调控分析的综合方法具有重要的潜力，既可以解剖个体信号通路，也可以理解细菌用来应对外部挑战的策略。
The ability of bacteria to respond to environmental change is based on the ability to coordinate, redirect and fine-tune their genetic repertoire as and when required. While we can learn a great deal from reductive analysis of individual pathways and global approaches to gene regulation, a deeper understanding of these complex signaling networks requires the simultaneous consideration of several regulatory layers at the genome scale. To highlight the power of this approach we analyzed the Hfq transcriptional/translational regulatory network in the model bacterium Pseudomonas fluorescens. We first used extensive ‘omics’ analyses to assess how hfq deletion affects mRNA abundance, mRNA translation and protein abundance. The subsequent, multi-level integration of these datasets allows us to highlight the discrete contributions by Hfq to gene regulation at different levels. The integrative approach to regulatory analysis we describe here has significant potential, for both dissecting individual signaling pathways and understanding the strategies bacteria use to cope with external challenges.
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影响因子：
4.1
作者：
Bilusic I;Popitsch N;Rescheneder P;Schroeder R;Lybecker M
通讯作者：
Lybecker M
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作者：
Jeong Y;Kim JN;Kim MW;Bucca G;Cho S;Yoon YJ;Kim BG;Roe JH;Kim SC;Smith CP;Cho BK
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Cho BK
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作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
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Salzberg, Steven L.
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Feng L;Rutherford ST;Papenfort K;Bagert JD;van Kessel JC;Tirrell DA;Wingreen NS;Bassler BL
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Bassler BL
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Hmelo LR;Borlee BR;Almblad H;Love ME;Randall TE;Tseng BS;Lin C;Irie Y;Storek KM;Yang JJ;Siehnel RJ;Howell PL;Singh PK;Tolker-Nielsen T;Parsek MR;Schweizer HP;Harrison JJ
通讯作者：
Harrison JJ