MAPanalyzer: a novel online tool for analyzing microtubule-associated proteins
MAPanalyzer: a novel online tool for analyzing microtubule-associated proteins
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MAPanalyzer：一种用于分析微管相关蛋白的新型在线工具
DOI：
10.1093/database/bav108
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发表时间：
2015-11
影响因子：
5.8
通讯作者：
Zhang ZD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou Yuan;Yang Shiping;Zhang Ziding;Mao Tonglin;Zhang ZD
微管的广泛功能影响是由一组微管相关蛋白（MAP）释放和控制的。该领域的专家欣赏已知MAP的多样性，并推动新MAP的鉴定。相比之下，既没有特定的数据库来记录已知的MAP，也没有MAP预测器可以促进潜在MAP的发现。本文介绍了一个以MAP为中心的在线分析工具MAPanalyzer的建立，该工具由MAP数据库和MAP预测器组成。在数据库中，一个核心的MAP数据集，这是完全手动策划的文献，进一步丰富了MAP信息收集通过自动管道。另一方面，核心数据集能够构建一种新的MAP预测器，该预测器结合了专门的机器学习分类器和BLAST同源性搜索工具。对策展测试数据集和拟南芥全基因组数据集的基准测试表明，所提出的预测器不仅优于其自身的组件（即机器学习分类器和BLAST），而且优于另一种流行的同源性搜索工具PSI-BLAST。因此，MAPanalyzer将作为一个有前途的计算资源的调查地图。数据库URL：http://systbio.cau.edu.cn/mappred/。
The wide functional impacts of microtubules are unleashed and controlled by a battery of microtubule-associated proteins (MAPs). Specialists in the field appreciate the diversity of known MAPs and propel the identifications of novel MAPs. By contrast, there is neither specific database to record known MAPs, nor MAP predictor that can facilitate the discovery of potential MAPs. We here report the establishment of a MAP-centered online analysis tool MAPanalyzer, which consists of a MAP database and a MAP predictor. In the database, a core MAP dataset, which is fully manually curated from the literature, is further enriched by MAP information collected via automated pipeline. The core dataset, on the other hand, enables the building of a novel MAP predictor which combines specialized machine learning classifiers and the BLAST homology searching tool. Benchmarks on the curated testing dataset and the Arabidopsis thaliana whole genome dataset have shown that the proposed predictor outperforms not only its own components (i.e. the machine learning classifiers and BLAST), but also another popular homology searching tool, PSI-BLAST. Therefore, MAPanalyzer will serve as a promising computational resource for the investigations of MAPs. Database URL: http://systbio.cau.edu.cn/mappred/.
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