WDSPdb: a database for WD40-repeat proteins.
WDSPdb: a database for WD40-repeat proteins.
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WDSPdb：WD40 重复蛋白的数据库
DOI：
10.1093/nar/gku1023
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wu YD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Hu XJ;Zou XD;Wu XH;Ye ZQ;Wu YD
WD40-repeat蛋白作为最大的蛋白家族之一，经常通过其结构域表面的热点残基作为功能复合物组装的平台，在许多生物过程中发挥重要作用。因此，对于研究WD40蛋白和蛋白质相互作用的研究人员来说，获取WD40结构域的结构信息是非常重要的。系统地鉴定WD40-repeat蛋白，包括预测它们的二级结构、三级结构和负责蛋白-蛋白相互作用的潜在热点残基，可能是满足这一要求的宝贵资源。为了实现这一目标，我们开发了一个专门的数据库WDSPdb （http://wu.scbb.pkusz.edu.cn/wdsp/）来提供WD40-repeat蛋白的这些细节，该数据库基于我们最近发表的方法WDSP。WDSPdb包含63211个来自3383种物种的WD40-repeat蛋白，包括最著名的模式生物。为了更好地服务社会，我们实现了一个用户友好的交互式web界面来浏览、搜索和下载WDSPdb提供的二级结构、三维结构模型和潜在的热点残基。
WD40-repeat proteins, as one of the largest protein families, often serve as platforms to assemble functional complexes through the hotspot residues on their domain surfaces, and thus play vital roles in many biological processes. Consequently, it is highly required for researchers who study WD40 proteins and protein–protein interactions to obtain structural information of WD40 domains. Systematic identification of WD40-repeat proteins, including prediction of their secondary structures, tertiary structures and potential hotspot residues responsible for protein–protein interactions, may constitute a valuable resource upon this request. To achieve this goal, we developed a specialized database WDSPdb (http://wu.scbb.pkusz.edu.cn/wdsp/) to provide these details of WD40-repeat proteins based on our recently published method WDSP. The WDSPdb contains 63 211 WD40-repeat proteins identified from 3383 species, including most well-known model organisms. To better serve the community, we implemented a user-friendly interactive web interface to browse, search and download the secondary structures, 3D structure models and potential hotspot residues provided by WDSPdb.
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