AS-EAST: a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts.
AS-EAST: a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts.
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AS-EAST：推定蛋白质的功能注释工具，该蛋白质由剪接的转录本编码。
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts320
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发表时间：
2012-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Go M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shionyu M;Takahashi K;Go M
摘要：选择性剪接效应评估工具(AS-EAST)是一种在线工具，用于对选择性剪接(AS)产生的转录本编码的推定蛋白质进行功能注释。当提供转录本序列时，AS-EAST识别由转录本编码的推定蛋白质序列中由AS事件改变的区域。用户可以通过检查改变的区域中是否包括功能结构域来评估假定蛋白质的预测功能。此外，用户可以根据AS事件是否影响在参考异构体的3D结构中观察到的相互作用残基来推断蛋白质网络中分子间相互作用的损失。从AS-EAST获得的信息将有助于对新的剪接异构体的功能意义进行实验分析。可用性：该在线工具可在http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/ASEAST/.上免费获得联系方式：m_shionyu@Nagahama-i-Bio.ac.jp
Summary: Alternative Splicing Effects ASsessment Tools (AS-EAST) is an online tool for the functional annotation of putative proteins encoded by transcripts generated by alternative splicing (AS). When provided with a transcript sequence, AS-EAST identifies regions altered by AS events in the putative protein sequence encoded by the transcript. Users can evaluate the predicted function of the putative protein by inspecting whether functional domains are included in the altered regions. Moreover, users can infer the loss of inter-molecular interactions in the protein network according to whether the AS events affect interaction residues observed in the 3D structure of the reference isoform. The information obtained from AS-EAST will help to design experimental analyses for the functional significance of novel splice isoforms. Availability: The online tool is freely available at http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/ASEAST/. Contact: m_shionyu@nagahama-i-bio.ac.jp
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影响因子：
14.9
作者：
Shionyu M;Yamaguchi A;Shinoda K;Takahashi K;Go M
通讯作者：
Go M
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp024
发表时间：
2009-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gouzy J;Carrere S;Schiex T
通讯作者：
Schiex T
影响因子：
5.8
作者：
Zdobnov, EM;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R
影响因子：
5.5
作者：
Kapustin Y;Souvorov A;Tatusova T;Lipman D
通讯作者：
Lipman D
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp120
发表时间：
2009-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Trapnell C;Pachter L;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL