Highly efficient genome editing by CRISPR-Cpf1 using CRISPR RNA with a uridinylate-rich 3'-overhang.
Highly efficient genome editing by CRISPR-Cpf1 using CRISPR RNA with a uridinylate-rich 3'-overhang.
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DOI：
10.1038/s41467-018-06129-w
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发表时间：
2018-09-07
影响因子：
16.6
通讯作者：
Kim YS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bin Moon S;Lee JM;Kang JG;Lee NE;Ha DI;Kim DY;Kim SH;Yoo K;Kim D;Ko JH;Kim YS
基因组编辑已经通过CRISPR系统的开发得到利用，来自普雷沃氏菌和弗朗西斯氏菌1（Cpf 1）系统的CRISPR已经成为CRISPR-Cas9在各种情况下使用的有希望的替代品。尽管Cpf 1相对于Cas9具有固有的多重优势，但由于靶依赖性indel效率不足，Cpf 1的采用一直不令人满意。在这里，我们报告了一种通过Cpf 1进行高效基因组编辑的工程化CRISPR RNA（crRNA），其包括20个碱基的靶互补序列和富含尿苷酸的3′-突出端。当crRNA转录产生时，具有20个碱基的靶互补序列加上U4 AU 4 3′-突出端的crRNA是最佳构型。富含U的crRNA还最大化了AsCpf 1突变体的效用，并使用mRNA作为多种crRNA的来源进行多重基因组编辑。此外，富含U的crRNA能够在人类细胞中使用Cpf 1进行高度安全和特异性的基因组编辑，有助于增强基因组编辑工具箱。Cpf 1是Cas9的一种有前景的替代方案，尽管插入缺失产生效率是靶依赖性的。在这里，作者表明，添加polyU 3′突出端可以提高低效向导RNA的效率。
Genome editing has been harnessed through the development of CRISPR system, and the CRISPR from Prevotella and Francisella 1 (Cpf1) system has emerged as a promising alternative to CRISPR-Cas9 for use in various circumstances. Despite the inherent multiple advantages of Cpf1 over Cas9, the adoption of Cpf1 has been unsatisfactory because of target-dependent insufficient indel efficiencies. Here, we report an engineered CRISPR RNA (crRNA) for highly efficient genome editing by Cpf1, which includes a 20-base target-complementary sequence and a uridinylate-rich 3′-overhang. When the crRNA is transcriptionally produced, crRNA with a 20-base target-complementary sequence plus a U4AU4 3′-overhang is the optimal configuration. U-rich crRNA also maximizes the utility of the AsCpf1 mutants and multiplexing genome editing using mRNA as the source of multiple crRNAs. Furthermore, U-rich crRNA enables a highly safe and specific genome editing using Cpf1 in human cells, contributing to the enhancement of a genome-editing toolbox. Cpf1 is a promising alternative to Cas9 though indel generation efficiency is target dependent. Here the authors show that the addition of a polyU 3′ overhang can improve the efficiency of low efficiency guide RNAs.
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影响因子：
4.1
作者：
Karvelis T;Gasiunas G;Miksys A;Barrangou R;Horvath P;Siksnys V
通讯作者：
Siksnys V
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
46.9
作者：
Kleinstiver BP;Tsai SQ;Prew MS;Nguyen NT;Welch MM;Lopez JM;McCaw ZR;Aryee MJ;Joung JK
通讯作者：
Joung JK
影响因子：
12.3
作者：
Dang Y;Jia G;Choi J;Ma H;Anaya E;Ye C;Shankar P;Wu H
通讯作者：
Wu H
DOI：
10.1126/science.aaf5573
发表时间：
2016-08-05
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Abudayyeh OO;Gootenberg JS;Konermann S;Joung J;Slaymaker IM;Cox DB;Shmakov S;Makarova KS;Semenova E;Minakhin L;Severinov K;Regev A;Lander ES;Koonin EV;Zhang F
通讯作者：
Zhang F