Simple Entropy Terms for End-Point Binding Free Energy Calculations.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.8b00418
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发表时间：
2018-11-13
影响因子：
5.5
通讯作者：
Minh DDL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Menzer WM;Li C;Sun W;Xie B;Minh DDL
我们对用于结合自由能的 MM/PBSA 和 MM/GBSA 估计器进行了一些计算成本低廉的修改，这些修改基于非共价复合物模拟中的平均受体-配体相互作用能，以改进熵的处理：累积量展开中的二阶和高阶项以及配体外部自由度的限制势。我们还考虑对配体偏离初始结合姿势的快照进行过滤。这些变化在六组系统上进行了测试，这些系统的结合模式和自由能先前已通过实验确定。对于某些数据集，没有一个经过测试的估计器得出的结果与测量的自由能显着相关。在具有非平凡相关性的数据集中，通过几个统计指标，发现配体 RMSD 截止值为 3 Å 和累积量展开的二阶截断与平均相互作用能相当或更好。
We introduce a number of computationally inexpensive modifications to the MM/PBSA and MM/GBSA estimators for binding free energies, which are based on average receptor-ligand interaction energies in simulations of a noncovalent complex, to improve the treatment of entropy: second- and higher-order terms in a cumulant expansion and a confining potential on ligand external degrees of freedom. We also consider a filter for snapshots where ligands have drifted from the initial binding pose. The variations were tested on six sets of systems for which binding modes and free energies have previously been experimentally determined. For some datasets, none of the tested estimators led to results significantly correlated with measured free energies. In datasets with nontrivial correlation, a ligand RMSD cutoff of 3 Å and a second-order truncation of the cumulant expansion was found to be comparable or better than the average interaction energy by several statistical metrics.
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