Analysis and visualization of Arabidopsis thaliana GWAS using web 2.0 technologies.
Analysis and visualization of Arabidopsis thaliana GWAS using web 2.0 technologies.
复制标题
DOI：
10.1093/database/bar014
复制
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Nordborg M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang YS;Horton M;Vilhjálmsson BJ;Seren U;Meng D;Meyer C;Ali Amer M;Borevitz JO;Bergelson J;Nordborg M
随着大规模基因组数据成为生物学研究的标准，此类数据的存储、整合、查看和搜索已成为一项重大挑战。在这篇文章中，我们描述了拟南芥数据库的发展，该数据库存储了6000多个种质的地理信息和遗传多态数据，以及107个表型的基因组关联研究结果，这是迄今为止拟南芥多态数据和基因组多态研究结果的最大集合。利用一系列最新的Web 2.0技术，如AJAX(异步Java和XML)、GWT(Google-Web-Toolkit)、MVC(模型-视图-控制器)Web框架和对象关系映射器，我们为数据库创建了一个基于Web的应用程序(Web APP)，提供了地理信息、遗传多态和GWAS结果的集成和动态视图。基本的搜索功能被整合到网络应用程序中，以帮助反向遗传学研究。该数据库及其网络应用程序已被证明是拟南芥社区的宝贵资源。整个框架是如何通过网络呈现和访问生物数据，特别是全球气候变化数据的一个例子。最后，我们通过两个例子说明了通过Web应用程序获得新见解的潜力，展示了如何使用它来促进正向和反向遗传学研究。数据库地址：http://arabidopsis.usc.edu/
With large-scale genomic data becoming the norm in biological studies, the storing, integrating, viewing and searching of such data have become a major challenge. In this article, we describe the development of an Arabidopsis thaliana database that hosts the geographic information and genetic polymorphism data for over 6000 accessions and genome-wide association study (GWAS) results for 107 phenotypes representing the largest collection of Arabidopsis polymorphism data and GWAS results to date. Taking advantage of a series of the latest web 2.0 technologies, such as Ajax (Asynchronous JavaScript and XML), GWT (Google-Web-Toolkit), MVC (Model-View-Controller) web framework and Object Relationship Mapper, we have created a web-based application (web app) for the database, that offers an integrated and dynamic view of geographic information, genetic polymorphism and GWAS results. Essential search functionalities are incorporated into the web app to aid reverse genetics research. The database and its web app have proven to be a valuable resource to the Arabidopsis community. The whole framework serves as an example of how biological data, especially GWAS, can be presented and accessed through the web. In the end, we illustrate the potential to gain new insights through the web app by two examples, showcasing how it can be used to facilitate forward and reverse genetics research. Database URL: http://arabidopsis.usc.edu/
登录
查看更多内容
拟南芥的主要健身折衷的自然等位基因变异。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S
影响因子：
56.9
作者：
Clark, Richard M.;Schweikert, Gabriele;Weigel, Detlef
通讯作者：
Weigel, Detlef
影响因子：
30.8
作者：
Kim, Sung;Plagnol, Vincent;Nordborg, Magnus
通讯作者：
Nordborg, Magnus
影响因子：
9.8
作者：
Nordborg M;Hu TT;Ishino Y;Jhaveri J;Toomajian C;Zheng H;Bakker E;Calabrese P;Gladstone J;Goyal R;Jakobsson M;Kim S;Morozov Y;Padhukasahasram B;Plagnol V;Rosenberg NA;Shah C;Wall JD;Wang J;Zhao K;Kalbfleisch T;Schulz V;Kreitman M;Bergelson J
通讯作者：
Bergelson J