PhyTB: Phylogenetic tree visualisation and sample positioning for M. tuberculosis.
PhyTB: Phylogenetic tree visualisation and sample positioning for M. tuberculosis.
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Phytb：结核分枝杆菌的系统发育树可视化和样品定位。
DOI：
10.1186/s12859-015-0603-3
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发表时间：
2015-05-13
影响因子：
3
通讯作者：
Clark TG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Benavente ED;Coll F;Furnham N;McNerney R;Glynn JR;Campino S;Pain A;Mohareb FR;Clark TG
基于系统发育的结核分枝杆菌和其他细菌基因组的分类是研究进化假说、疾病爆发和传播事件的核心分析。全基因组测序为菌株内和菌株间多样性的基因组变异提供了新的见解，从而有助于细菌的分类和分子条形码。菌株调查的一个障碍是缺乏用户交互的解决方案来询问和可视化系统发育树环境中的变异。我们已经开发了一个基于网络的工具，称为PhyTB(http://pathogenseq.lshtm.ac.uk/phytblive/index.php)，以帮助系统发育树可视化和识别结核分枝杆菌分支信息丰富的多态。可以上传不同的调用格式文件以确定树中的样本位置。地图视图总结了等位基因和菌株类型的地理分布。在1,601株结核分枝杆菌分离株的序列数据上证明了PhyTB的实用性。在流行病学、地理和系统发生的背景下，对结核分枝杆菌基因组变异进行分析。通过结合大的变异和表型数据(例如，耐药谱)，以及对基因-表型相关性的评估，进一步的工具实用是可能的。源代码可用于为其他生物开发类似的网站(http://sourceforge.net/projects/phylotrack).
Phylogenetic-based classification of M. tuberculosis and other bacterial genomes is a core analysis for studying evolutionary hypotheses, disease outbreaks and transmission events. Whole genome sequencing is providing new insights into the genomic variation underlying intra- and inter-strain diversity, thereby assisting with the classification and molecular barcoding of the bacteria. One roadblock to strain investigation is the lack of user-interactive solutions to interrogate and visualise variation within a phylogenetic tree setting. We have developed a web-based tool called PhyTB (http://pathogenseq.lshtm.ac.uk/phytblive/index.php) to assist phylogenetic tree visualisation and identification of M. tuberculosis clade-informative polymorphism. Variant Call Format files can be uploaded to determine a sample position within the tree. A map view summarises the geographical distribution of alleles and strain-types. The utility of the PhyTB is demonstrated on sequence data from 1,601 M. tuberculosis isolates. PhyTB contextualises M. tuberculosis genomic variation within epidemiological, geographical and phylogenic settings. Further tool utility is possible by incorporating large variants and phenotypic data (e.g. drug-resistance profiles), and an assessment of genotype-phenotype associations. Source code is available to develop similar websites for other organisms (http://sourceforge.net/projects/phylotrack).
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DOI：
10.1016/j.tube.2014.02.005
发表时间：
2014-05
期刊：
Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
影响因子：
--
作者：
Coll F;Preston M;Guerra-Assunção JA;Hill-Cawthorn G;Harris D;Perdigão J;Viveiros M;Portugal I;Drobniewski F;Gagneux S;Glynn JR;Pain A;Parkhill J;McNerney R;Martin N;Clark TG
通讯作者：
Clark TG
影响因子：
7
作者：
Skinner, Mitchell E.;Uzilov, Andrew V.;Holmes, Ian H.
通讯作者：
Holmes, Ian H.
由于结核分枝杆菌的复发或再感染引起的复发：在大型，基于人群的队列中，全基因组测序方法具有较高的HIV感染患病率和主动随访。
DOI：
10.1093/infdis/jiu574
发表时间：
2015-04-01
期刊：
The Journal of infectious diseases
影响因子：
--
作者：
Guerra-Assunção JA;Houben RM;Crampin AC;Mzembe T;Mallard K;Coll F;Khan P;Banda L;Chiwaya A;Pereira RP;McNerney R;Harris D;Parkhill J;Clark TG;Glynn JR
通讯作者：
Glynn JR
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts544
发表时间：
2012-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Coll F;Mallard K;Preston MD;Bentley S;Parkhill J;McNerney R;Martin N;Clark TG
通讯作者：
Clark TG
影响因子：
15.8
作者：
Sandgren A;Strong M;Muthukrishnan P;Weiner BK;Church GM;Murray MB
通讯作者：
Murray MB