The UCSC Genome Browser database: 2014 update.
The UCSC Genome Browser database: 2014 update.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1168
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kent WJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karolchik D;Barber GP;Casper J;Clawson H;Cline MS;Diekhans M;Dreszer TR;Fujita PA;Guruvadoo L;Haeussler M;Harte RA;Heitner S;Hinrichs AS;Learned K;Lee BT;Li CH;Raney BJ;Rhead B;Rosenbloom KR;Sloan CA;Speir ML;Zweig AS;Haussler D;Kuhn RM;Kent WJ
加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）基因组浏览器（http://genome.ucsc.edu）为公众提供了一个不断增长的基因组序列数据库和大量生物体（主要是脊椎动物）的注释，重点是人类和小鼠基因组。Browser的基于网络的工具为可视化、比较、分析和共享公开可用的和用户生成的基因组数据集提供了一个集成的环境。截至2013年9月，该数据库包含了约90种生物的基因组序列和一组基本的注释“轨迹”。重要的新注释包括小鼠的60种多序列保守轨道，更新了人类和小鼠的UCSC基因轨道，以及几组新的变异和ENCODE数据。新的软件工具包括一个变体注释集成器，它可以返回作为自定义轨迹上传的一组变体的预测功能效果，一个扩展到UCSC基因，可以显示蛋白质编码基因的单倍型等位基因，以及一个扩展的数据中心，除了注释数据外，还包括显示远程托管用户提供的组装序列的能力。为了改善欧洲的访问，我们在德国比勒费尔德大学增加了一个基因组浏览器镜像（http://genome-euro.ucsc.edu）。
The University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) offers online public access to a growing database of genomic sequence and annotations for a large collection of organisms, primarily vertebrates, with an emphasis on the human and mouse genomes. The Browser’s web-based tools provide an integrated environment for visualizing, comparing, analysing and sharing both publicly available and user-generated genomic data sets. As of September 2013, the database contained genomic sequence and a basic set of annotation ‘tracks’ for ∼90 organisms. Significant new annotations include a 60-species multiple alignment conservation track on the mouse, updated UCSC Genes tracks for human and mouse, and several new sets of variation and ENCODE data. New software tools include a Variant Annotation Integrator that returns predicted functional effects of a set of variants uploaded as a custom track, an extension to UCSC Genes that displays haplotype alleles for protein-coding genes and an expansion of data hubs that includes the capability to display remotely hosted user-provided assembly sequence in addition to annotation data. To improve European access, we have added a Genome Browser mirror (http://genome-euro.ucsc.edu) hosted at Bielefeld University in Germany.
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影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
影响因子：
5.8
作者：
Hickey, Glenn;Paten, Benedict;Haussler, David
通讯作者：
Haussler, David
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr043
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Haeussler M;Gerner M;Bergman CM
通讯作者：
Bergman CM
DOI：
10.1126/science.1224344
发表时间：
2012-10-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Meyer M;Kircher M;Gansauge MT;Li H;Racimo F;Mallick S;Schraiber JG;Jay F;Prüfer K;de Filippo C;Sudmant PH;Alkan C;Fu Q;Do R;Rohland N;Tandon A;Siebauer M;Green RE;Bryc K;Briggs AW;Stenzel U;Dabney J;Shendure J;Kitzman J;Hammer MF;Shunkov MV;Derevianko AP;Patterson N;Andrés AM;Eichler EE;Slatkin M;Reich D;Kelso J;Pääbo S
通讯作者：
Pääbo S
来自1,092个人基因组的遗传变异的综合图。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--