Exploring the sequence space of unknown oligomers and polymers
Exploring the sequence space of unknown oligomers and polymers
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探索未知低聚物和聚合物的序列空间
DOI：
10.1016/j.xcrp.2021.100685
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发表时间：
2021
影响因子：
8.9
通讯作者：
Doran D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doran D
利用串联质谱仪(MS/MS)对生物低聚物进行分析和测序的发展，促进了对地球上生命化学的表征。生物低聚物可以在比任何合成混合物更复杂的分析物中以序列级别的分辨率进行识别，这得益于对碎片性质的广泛了解和几十年来建立的广泛的MS/MS数据库。然而，未知的低聚物系统仍然很难表征，因为没有可比较的数据库，部分原因是巨大的化学多样性和裂解途径。在这里，我们提出了一种新的方法-寡聚体-汤测序(OLIGOSS)，用于未知低聚物系统的测序。使用一组新的主链不可知的抽象属性来定义碎片，OLIGOSS能够对任何符合MS/MS的线性低聚物类别进行测序，而不考虑主链的化学成分。我们通过直接从细胞裂解液中测序合成肽、聚酯、聚亚胺和去脂肽低聚体、绘制RNA甲基化位点和核糖体合成肽硫代荷胺来验证OLIGOSS。
The characterization of the chemistry of life on earth has been facilitated by developments in analysis and sequencing of bio-oligomers using tandem mass spectrometry (MS/MS). Bio-oligomers can be identified with sequence-level resolution in analytes more complex than any synthetic mixture, enabled by well-established knowledge of fragmentation properties and extensive MS/MS databases built up over decades. However, unknown oligomer systems remain difficult to characterize, as no comparable databases exist, partly because of the vast chemical diversity and fragmentation pathways. Here, we present oligomer-soup-sequencing (OLIGOSS), a new approach to the sequencing of unknown oligomer systems. Using a novel set of backbone-agnostic abstract properties to define fragmentation, OLIGOSS is capable of sequencing any linear oligomer class amenable to MS/MS, regardless of backbone chemistry. We validated OLIGOSS by sequencing synthetic peptides, polyesters, polyimines and depsipeptide oligomers, mapped RNA methylation sites, and a ribosomally synthesized peptide, thioholgamide, directly from a cell lysate without purification.
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DOI：
--
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期刊：
影响因子：
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M. Sheil
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Cronin, Leroy